TY - JOUR AU - Dekker, J. AU - Misteli, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Long-range chromatin interactions JO - CSH Perspect Biol VL - 7 ID - Dekker2015 ER - TY - JOUR AU - Yu, M. AU - Ren, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - The three-dimensional organization of mammalian genomes JO - Annu Rev Cell Dev Biol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-cellbio-100616-060531 DO - 10.1146/annurev-cellbio-100616-060531 ID - Yu2017 ER - TY - JOUR AU - Rao, S. S. P. AU - Huntley, M. H. AU - Durand, N. C. AU - Stamenova, E. K. AU - Bochkov, I. D. AU - Robinson, J. T. AU - Sanborn, A. L. AU - Machol, I. AU - Omer, A. D. AU - Lander, E. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.021 DO - 10.1016/j.cell.2014.11.021 ID - Rao2014 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Yue, F. AU - Kim, A. AU - Li, Y. AU - Shen, Y. AU - Hu, M. AU - Liu, J. S. AU - Ren, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11082 DO - 10.1038/nature11082 ID - Dixon2012 ER - TY - JOUR AU - Nora, E. P. AU - Lajoie, B. R. AU - Schulz, E. G. AU - Giorgetti, L. AU - Okamoto, I. AU - Servant, N. AU - Piolot, T. AU - Berkum, N. L. AU - Meisig, J. AU - Sedat, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11049 DO - 10.1038/nature11049 ID - Nora2012 ER - TY - JOUR AU - Sanborn, A. L. AU - Rao, S. S. AU - Huang, S. C. AU - Durand, N. C. AU - Huntley, M. H. AU - Jewett, A. I. AU - Bochkov, I. D. AU - Chinnappan, D. AU - Cutkosky, A. AU - Li, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Chromatin extrusion explains key features of loop and domain formation in wild-type and engineered genomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1518552112 DO - 10.1073/pnas.1518552112 ID - Sanborn2015 ER - TY - JOUR AU - Rao, S. AU - Huang, S. C. AU - Glenn, S. H. B. AU - Engreitz, J. M. AU - Perez, E. M. AU - Kieffer-Kwon, K. R. AU - Sanborn, A. L. AU - Johnstone, S. E. AU - Bascom, G. D. AU - Bochkov, I. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Cohesin loss eliminates all loop domains JO - Cell VL - 171 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.026 DO - 10.1016/j.cell.2017.09.026 ID - Rao2017 ER - TY - JOUR AU - Nora, E. P. AU - Goloborodko, A. AU - Valton, A. L. AU - Gibcus, J. H. AU - Uebersohn, A. AU - Abdennur, N. AU - Dekker, J. AU - Mirny, L. A. AU - Bruneau, B. G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Targeted degradation of CTCF decouples local insulation of chromosome domains from genomic compartmentalization JO - Cell VL - 169 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.05.004 DO - 10.1016/j.cell.2017.05.004 ID - Nora2017 ER - TY - JOUR AU - Mao, Y. S. AU - Zhang, B. AU - Spector, D. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Biogenesis and function of nuclear bodies JO - Trends Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2011.05.006 DO - 10.1016/j.tig.2011.05.006 ID - Mao2011 ER - TY - JOUR AU - Wendt, K. S. AU - Grosveld, F. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Transcription in the context of the 3D nucleus JO - Curr Opin Genet Dev VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2013.11.020 DO - 10.1016/j.gde.2013.11.020 ID - Wendt2014 ER - TY - JOUR AU - Nemeth, A. AU - Conesa, A. AU - Santoyo-Lopez, J. AU - Medina, I. AU - Montaner, D. AU - Peterfia, B. AU - Solovei, I. AU - Cremer, T. AU - Dopazo, J. AU - Langst, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Initial genomics of the human nucleolus JO - PLoS Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000889 DO - 10.1371/journal.pgen.1000889 ID - Nemeth2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Sawyer, I. A. AU - Sung, M. H. AU - Sturgill, D. AU - Shevtsov, S. P. AU - Pegoraro, G. AU - Hakim, O. AU - Baek, S. AU - Hager, G. L. AU - Dundr, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cajal bodies are linked to genome conformation JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10966 DO - 10.1038/ncomms10966 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Galganski, L. AU - Urbanek, M. O. AU - Krzyzosiak, W. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Nuclear speckles: molecular organization, biological function and role in disease JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx759 DO - 10.1093/nar/gkx759 ID - Galganski2017 ER - TY - JOUR AU - Quinodoz, S. A. AU - Ollikainen, N. AU - Tabak, B. AU - Palla, A. AU - Schmidt, J. M. AU - Detmar, E. AU - Lai, M. M. AU - Shishkin, A. A. AU - Bhat, P. AU - Takei, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Higher-order inter-chromosomal hubs shape 3D genome organization in the nucleus JO - Cell VL - 174 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.024 DO - 10.1016/j.cell.2018.05.024 ID - Quinodoz2018 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Zhang, Y. AU - Wang, Y. AU - Zhang, L. AU - Brinkman, E. K. AU - Adam, S. A. AU - Goldman, R. AU - Steensel, B. AU - Ma, J. AU - Belmont, A. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Mapping 3D genome organization relative to nuclear compartments using TSA-Seq as a cytological ruler JO - J Cell Biol VL - 2018 ID - Chen2018 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. AU - Yan, Z. AU - Li, S. AU - Huang, N. AU - Huang, X. AU - Zhang, J. AU - Zhong, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - RNAs as proximity-labeling media for identifying nuclear speckle positions relative to the genome JO - iScience VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.isci.2018.06.005 DO - 10.1016/j.isci.2018.06.005 ID - Chen2018 ER - TY - JOUR AU - Spector, D. L. AU - Lamond, A. I. PY - 2011 DA - 2011// TI - Nuclear speckles JO - Cold Spring Harb Perspect Biol. VL - 3 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a000646 DO - 10.1101/cshperspect.a000646 ID - Spector2011 ER - TY - JOUR AU - Miyagawa, R. AU - Tano, K. AU - Mizuno, R. AU - Nakamura, Y. AU - Ijiri, K. AU - Rakwal, R. AU - Shibato, J. AU - Masuo, Y. AU - Mayeda, A. AU - Hirose, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of cis- and trans-acting factors involved in the localization of MALAT-1 noncoding RNA to nuclear speckles JO - RNA VL - 18 UR - https://doi.org/10.1261/rna.028639.111 DO - 10.1261/rna.028639.111 ID - Miyagawa2012 ER - TY - JOUR AU - Guelen, L. AU - Pagie, L. AU - Brasset, E. AU - Meuleman, W. AU - Faza, M. B. AU - Talhout, W. AU - Eussen, B. H. AU - Klein, A. AU - Wessels, L. AU - Laat, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06947 DO - 10.1038/nature06947 ID - Guelen2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Xu, X. AU - Nguyen, C. M. AU - Liu, Y. AU - Gao, Y. AU - Lin, X. AU - Daley, T. AU - Kipniss, N. H. AU - Russa, M. AU - Qi, L. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - CRISPR-mediated programmable 3D genome positioning and nuclear organization JO - Cell VL - 175 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.013 DO - 10.1016/j.cell.2018.09.013 ID - Wang2018 ER - TY - JOUR AU - Saitoh, N. AU - Spahr, C. S. AU - Patterson, S. D. AU - Bubulya, P. AU - Neuwald, A. F. AU - Spector, D. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Proteomic analysis of interchromatin granule clusters JO - Mol Biol Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.e04-03-0253 DO - 10.1091/mbc.e04-03-0253 ID - Saitoh2004 ER - TY - JOUR AU - Hutchinson, J. N. AU - Ensminger, A. W. AU - Clemson, C. M. AU - Lynch, C. R. AU - Lawrence, J. B. AU - Chess, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - A screen for nuclear transcripts identifies two linked noncoding RNAs associated with SC35 splicing domains JO - BMC Genom VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-39 DO - 10.1186/1471-2164-8-39 ID - Hutchinson2007 ER - TY - JOUR AU - Fei, J. AU - Jadaliha, M. AU - Harmon, T. S. AU - Li, I. AU - Hua, B. AU - Hao, Q. AU - Holehouse, A. S. AU - Reyer, M. AU - Sun, Q. AU - Freier, S. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Quantitative analysis of multilayer organization of proteins and RNA in nuclear speckles at super resolution JO - J Cell Sci VL - 130 UR - https://doi.org/10.1242/jcs.206854 DO - 10.1242/jcs.206854 ID - Fei2017 ER - TY - JOUR AU - Fan, H. AU - Lv, P. AU - Huo, X. AU - Wu, J. AU - Wang, Q. AU - Cheng, L. AU - Liu, Y. AU - Tang, Q. Q. AU - Zhang, L. AU - Zhang, F. PY - 2018 DA - 2018// TI - The nuclear matrix protein HNRNPU maintains 3D genome architecture globally in mouse hepatocytes JO - Genome Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gr.224576.117 DO - 10.1101/gr.224576.117 ID - Fan2018 ER - TY - JOUR AU - Lam, S. S. AU - Martell, J. D. AU - Kamer, K. J. AU - Deerinck, T. J. AU - Ellisman, M. H. AU - Mootha, V. K. AU - Ting, A. Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Directed evolution of APEX2 for electron microscopy and proximity labeling JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3179 DO - 10.1038/nmeth.3179 ID - Lam2015 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Wang, Y. AU - Chiu, S. L. AU - Cline, H. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Membrane targeted horseradish peroxidase as a marker for correlative fluorescence and electron microscopy studies JO - Front Neural Circuits VL - 4 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Servant, N. AU - Varoquaux, N. AU - Lajoie, B. R. AU - Viara, E. AU - Chen, C. AU - Vert, J. AU - Heard, E. AU - Dekker, J. AU - Barillot, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - HiC-Pro: an optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0831-x DO - 10.1186/s13059-015-0831-x ID - Servant2015 ER - TY - JOUR AU - Durand, N. C. AU - Shamim, M. S. AU - Machol, I. AU - Rao, S. S. AU - Huntley, M. H. AU - Lander, E. S. AU - Aiden, E. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Juicer provides a one-click system for analyzing loop-resolution Hi-C experiments JO - Cell Syst VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2016.07.002 DO - 10.1016/j.cels.2016.07.002 ID - Durand2016 ER - TY - JOUR AU - Crane, E. AU - Bian, Q. AU - McCord, R. P. AU - Lajoie, B. R. AU - Wheeler, B. S. AU - Ralston, E. J. AU - Uzawa, S. AU - Dekker, J. AU - Meyer, B. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Condensin-driven remodelling of X chromosome topology during dosage compensation JO - Nature VL - 523 UR - https://doi.org/10.1038/nature14450 DO - 10.1038/nature14450 ID - Crane2015 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Pyl, P. T. AU - Huber, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - HTSeq—a Python framework to work with high-throughput sequencing data JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu638 DO - 10.1093/bioinformatics/btu638 ID - Anders2015 ER - TY - JOUR AU - Love, M. I. AU - Huber, W. AU - Anders, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8 DO - 10.1186/s13059-014-0550-8 ID - Love2014 ER - TY - JOUR AU - Huang, D. W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211 DO - 10.1038/nprot.2008.211 ID - Huang2009 ER -