TY - JOUR AU - Reeve, J. N. AU - Sandman, K. AU - Daniels, C. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Archaeal histones, nucleosomes, and transcription initiation JO - Cell VL - 89 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)80286-X DO - 10.1016/S0092-8674(00)80286-X ID - Reeve1997 ER - TY - JOUR AU - Kornberg, R. D. PY - 1974 DA - 1974// TI - Chromatin structure: a repeating unit of histones and DNA JO - Science VL - 184 UR - https://doi.org/10.1126/science.184.4139.868 DO - 10.1126/science.184.4139.868 ID - Kornberg1974 ER - TY - JOUR AU - Luger, K. AU - Mader, A. W. AU - Richmond, R. K. AU - Sargent, D. F. AU - Richmond, T. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution JO - Nature VL - 389 UR - https://doi.org/10.1038/38444 DO - 10.1038/38444 ID - Luger1997 ER - TY - JOUR AU - Chang, H. W. AU - Kulaeva, O. I. AU - Shaytan, A. K. AU - Kibanov, M. AU - Kuznedelov, K. AU - Severinov, K. V. AU - Kirpichnikov, M. P. AU - Clark, D. J. AU - Studitsky, V. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Analysis of the mechanism of nucleosome survival during transcription JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1120 DO - 10.1093/nar/gkt1120 ID - Chang2014 ER - TY - JOUR AU - Jordan-Pla, A. AU - Gupta, I. AU - Miguel-Jimenez, L. AU - Steinmetz, L. M. AU - Chavez, S. AU - Pelechano, V. AU - Perez-Ortin, J. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Chromatin-dependent regulation of RNA polymerases II and III activity throughout the transcription cycle JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1349 DO - 10.1093/nar/gku1349 ID - Jordan-Pla2015 ER - TY - JOUR AU - Jiang, C. AU - Pugh, B. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - A compiled and systematic reference map of nucleosome positions across the Saccharomyces cerevisiae genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-10-r109 DO - 10.1186/gb-2009-10-10-r109 ID - Jiang2009 ER - TY - JOUR AU - Struhl, K. AU - Segal, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Determinants of nucleosome positioning JO - Nat Struct Mol Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2506 DO - 10.1038/nsmb.2506 ID - Struhl2013 ER - TY - JOUR AU - Blattner, C. AU - Jennebach, S. AU - Herzog, F. AU - Mayer, A. AU - Cheung, A. C. AU - Witte, G. AU - Lorenzen, K. AU - Hopfner, K. P. AU - Heck, A. J. AU - Aebersold, R. AU - Cramer, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular basis of Rrn3-regulated RNA polymerase I initiation and cell growth JO - Genes Dev VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gad.17363311 DO - 10.1101/gad.17363311 ID - Blattner2011 ER - TY - JOUR AU - Cheung, A. C. AU - Cramer, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Structural basis of RNA polymerase II backtracking, arrest and reactivation JO - Nature VL - 471 UR - https://doi.org/10.1038/nature09785 DO - 10.1038/nature09785 ID - Cheung2011 ER - TY - JOUR AU - Kireeva, M. L. AU - Hancock, B. AU - Cremona, G. H. AU - Walter, W. AU - Studitsky, V. M. AU - Kashlev, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Nature of the nucleosomal barrier to RNA polymerase II JO - Mol Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2005.02.027 DO - 10.1016/j.molcel.2005.02.027 ID - Kireeva2005 ER - TY - JOUR AU - Noll, M. PY - 1974 DA - 1974// TI - Subunit structure of chromatin JO - Nature VL - 251 UR - https://doi.org/10.1038/251249a0 DO - 10.1038/251249a0 ID - Noll1974 ER - TY - JOUR AU - Weiner, A. AU - Hughes, A. AU - Yassour, M. AU - Rando, O. J. AU - Friedman, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - High-resolution nucleosome mapping reveals transcription-dependent promoter packaging JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.098509.109 DO - 10.1101/gr.098509.109 ID - Weiner2010 ER - TY - JOUR AU - Cui, K. AU - Zhao, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide approaches to determining nucleosome occupancy in metazoans using MNase-Seq JO - Methods Mol Biol VL - 833 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-477-3_24 DO - 10.1007/978-1-61779-477-3_24 ID - Cui2012 ER - TY - JOUR AU - Mavrich, T. N. AU - Ioshikhes, I. P. AU - Venters, B. J. AU - Jiang, C. AU - Tomsho, L. P. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. AU - Albert, I. AU - Pugh, B. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - A barrier nucleosome model for statistical positioning of nucleosomes throughout the yeast genome JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.078261.108 DO - 10.1101/gr.078261.108 ID - Mavrich2008 ER - TY - JOUR AU - Valouev, A. AU - Ichikawa, J. AU - Tonthat, T. AU - Stuart, J. AU - Ranade, S. AU - Peckham, H. AU - Zeng, K. AU - Malek, J. A. AU - Costa, G. AU - McKernan, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - A high-resolution, nucleosome position map of C. elegans reveals a lack of universal sequence-dictated positioning JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.076463.108 DO - 10.1101/gr.076463.108 ID - Valouev2008 ER - TY - JOUR AU - Dingwall, C. AU - Lomonossoff, G. P. AU - Laskey, R. A. PY - 1981 DA - 1981// TI - High sequence specificity of micrococcal nuclease JO - Nucleic Acids Res VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/nar/9.12.2659 DO - 10.1093/nar/9.12.2659 ID - Dingwall1981 ER - TY - JOUR AU - Kubik, S. AU - Bruzzone, M. J. AU - Jacquet, P. AU - Falcone, J. L. AU - Rougemont, J. AU - Shore, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Nucleosome stability distinguishes two different promoter types at all protein-coding genes in yeast JO - Mol Cell VL - 60 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2015.10.002 DO - 10.1016/j.molcel.2015.10.002 ID - Kubik2015 ER - TY - JOUR AU - Cartwright, I. L. AU - Cryderman, D. E. AU - Gilmour, D. S. AU - Pile, L. A. AU - Wallrath, L. L. AU - Weber, J. A. AU - Elgin, S. C. PY - 1999 DA - 1999// TI - Analysis of Drosophila chromatin structure in vivo JO - Methods Enzymol VL - 304 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(99)04028-8 DO - 10.1016/S0076-6879(99)04028-8 ID - Cartwright1999 ER - TY - JOUR AU - Ryan, M. P. AU - Stafford, G. A. AU - Yu, L. AU - Cummings, K. B. AU - Morse, R. H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Assays for nucleosome positioning in yeast JO - Methods Enzymol VL - 304 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(99)04023-9 DO - 10.1016/S0076-6879(99)04023-9 ID - Ryan1999 ER - TY - JOUR AU - Perez-Ortin, J. E. AU - Matallana, E. AU - Franco, L. PY - 1989 DA - 1989// TI - Chromatin structure of yeast genes JO - Yeast VL - 5 UR - https://doi.org/10.1002/yea.320050404 DO - 10.1002/yea.320050404 ID - Perez-Ortin1989 ER - TY - JOUR AU - Albert, I. AU - Mavrich, T. N. AU - Tomsho, L. P. AU - Qi, J. AU - Zanton, S. J. AU - Schuster, S. C. AU - Pugh, B. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Translational and rotational settings of H2A.Z nucleosomes across the Saccharomyces cerevisiae genome JO - Nature VL - 446 UR - https://doi.org/10.1038/nature05632 DO - 10.1038/nature05632 ID - Albert2007 ER - TY - JOUR AU - Field, Y. AU - Fondufe-Mittendorf, Y. AU - Moore, I. K. AU - Mieczkowski, P. AU - Kaplan, N. AU - Lubling, Y. AU - Lieb, J. D. AU - Widom, J. AU - Segal, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene expression divergence in yeast is coupled to evolution of DNA-encoded nucleosome organization JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.324 DO - 10.1038/ng.324 ID - Field2009 ER - TY - JOUR AU - Rhee, H. S. AU - Pugh, B. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide structure and organization of eukaryotic pre-initiation complexes JO - Nature VL - 483 UR - https://doi.org/10.1038/nature10799 DO - 10.1038/nature10799 ID - Rhee2012 ER - TY - JOUR AU - Xi, Y. AU - Yao, J. AU - Chen, R. AU - Li, W. AU - He, X. PY - 2011 DA - 2011// TI - Nucleosome fragility reveals novel functional states of chromatin and poises genes for activation JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.117101.110 DO - 10.1101/gr.117101.110 ID - Xi2011 ER - TY - JOUR AU - Knight, B. AU - Kubik, S. AU - Ghosh, B. AU - Bruzzone, M. J. AU - Geertz, M. AU - Martin, V. AU - Denervaud, N. AU - Jacquet, P. AU - Ozkan, B. AU - Rougemont, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Two distinct promoter architectures centered on dynamic nucleosomes control ribosomal protein gene transcription JO - Genes Dev VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gad.244434.114 DO - 10.1101/gad.244434.114 ID - Knight2014 ER - TY - JOUR AU - Fedor, M. J. AU - Kornberg, R. D. PY - 1989 DA - 1989// TI - Upstream activation sequence-dependent alteration of chromatin structure and transcription activation of the yeast GAL1-GAL10 genes JO - Mol Cell Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.9.4.1721 DO - 10.1128/MCB.9.4.1721 ID - Fedor1989 ER - TY - JOUR AU - Marco-Sola, S. AU - Sammeth, M. AU - Guigo, R. AU - Ribeca, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - The GEM mapper: fast, accurate and versatile alignment by filtration JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2221 DO - 10.1038/nmeth.2221 ID - Marco-Sola2012 ER - TY - JOUR AU - Nadal-Ribelles, M. AU - Conde, N. AU - Flores, O. AU - Gonzalez-Vallinas, J. AU - Eyras, E. AU - Orozco, M. AU - Nadal, E. AU - Posas, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Hog1 bypasses stress-mediated down-regulation of transcription by RNA polymerase II redistribution and chromatin remodeling JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-11-r106 DO - 10.1186/gb-2012-13-11-r106 ID - Nadal-Ribelles2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. AU - Xi, Y. AU - Pan, X. AU - Li, Z. AU - Kaestner, K. AU - Tyler, J. AU - Dent, S. AU - He, X. AU - Li, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - DANPOS: dynamic analysis of nucleosome position and occupancy by sequencing JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.142067.112 DO - 10.1101/gr.142067.112 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Hammer, O. AU - Harper, D. A. T. AU - Ryan, P. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - PAST: paleontological statistics software package for education and data analysis JO - Paleontologia Electron VL - 4 ID - Hammer2001 ER - TY - JOUR AU - Brogaard, K. AU - Xi, L. AU - Wang, J. P. AU - Widom, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - A map of nucleosome positions in yeast at base-pair resolution JO - Nature VL - 486 ID - Brogaard2012 ER - TY - JOUR AU - Garcia-Martinez, J. AU - Pelechano, V. AU - Perez-Ortin, J. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genomic-wide methods to evaluate transcription rates in yeast JO - Methods Mol Biol VL - 734 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-086-7_2 DO - 10.1007/978-1-61779-086-7_2 ID - Garcia-Martinez2011 ER - TY - JOUR AU - Canadell, D. AU - Garcia-Martinez, J. AU - Alepuz, P. AU - Perez-Ortin, J. E. AU - Arino, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Impact of high pH stress on yeast gene expression: a comprehensive analysis of mRNA turnover during stress responses JO - Biochim Biophys Acta VL - 1849 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2015.04.001 DO - 10.1016/j.bbagrm.2015.04.001 ID - Canadell2015 ER - TY - JOUR AU - Jordan-Pla, A. AU - Miguel, A. AU - Serna, E. AU - Pelechano, V. AU - Perez-Ortin, J. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Biotin-genomic run-on (Bio-GRO): a high-resolution method for the analysis of nascent transcription in yeast JO - Methods Mol Biol VL - 1361 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3079-1_8 DO - 10.1007/978-1-4939-3079-1_8 ID - Jordan-Pla2016 ER - TY - JOUR AU - Mas, G. AU - Nadal, E. AU - Dechant, R. AU - Concepcion, M. L. R. AU - Logie, C. AU - Jimeno-Gonzalez, S. AU - Chavez, S. AU - Ammerer, G. AU - Posas, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Recruitment of a chromatin remodelling complex by the Hog1 MAP kinase to stress genes JO - EMBO J VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/emboj.2008.299 DO - 10.1038/emboj.2008.299 ID - Mas2009 ER - TY - JOUR AU - Chung, H. R. AU - Dunkel, I. AU - Heise, F. AU - Linke, C. AU - Krobitsch, S. AU - Ehrenhofer-Murray, A. E. AU - Sperling, S. R. AU - Vingron, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The effect of micrococcal nuclease digestion on nucleosome positioning data JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015754 DO - 10.1371/journal.pone.0015754 ID - Chung2010 ER - TY - JOUR AU - Horz, W. AU - Altenburger, W. PY - 1981 DA - 1981// TI - Sequence specific cleavage of DNA by micrococcal nuclease JO - Nucleic Acids Res VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/nar/9.12.2643 DO - 10.1093/nar/9.12.2643 ID - Horz1981 ER - TY - JOUR AU - Deniz, O. AU - Flores, O. AU - Battistini, F. AU - Perez, A. AU - Soler-Lopez, M. AU - Orozco, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Physical properties of naked DNA influence nucleosome positioning and correlate with transcription start and termination sites in yeast JO - BMC Genom VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-489 DO - 10.1186/1471-2164-12-489 ID - Deniz2011 ER - TY - JOUR AU - Nadal-Ribelles, M. AU - Mas, G. AU - Millan-Zambrano, G. AU - Sole, C. AU - Ammerer, G. AU - Chavez, S. AU - Posas, F. AU - Nadal, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - H3K4 monomethylation dictates nucleosome dynamics and chromatin remodeling at stress-responsive genes JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv220 DO - 10.1093/nar/gkv220 ID - Nadal-Ribelles2015 ER - TY - JOUR AU - Fan, X. AU - Moqtaderi, Z. AU - Jin, Y. AU - Zhang, Y. AU - Liu, X. S. AU - Struhl, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Nucleosome depletion at yeast terminators is not intrinsic and can occur by a transcriptional mechanism linked to 3′-end formation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1012674107 DO - 10.1073/pnas.1012674107 ID - Fan2010 ER - TY - JOUR AU - Yuan, G. C. AU - Liu, Y. J. AU - Dion, M. F. AU - Slack, M. D. AU - Wu, L. F. AU - Altschuler, S. J. AU - Rando, O. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome-scale identification of nucleosome positions in S. cerevisiae JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112178 DO - 10.1126/science.1112178 ID - Yuan2005 ER - TY - JOUR AU - Chereji, R. V. AU - Morozov, A. V. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ubiquitous nucleosome crowding in the yeast genome JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1321001111 DO - 10.1073/pnas.1321001111 ID - Chereji2014 ER - TY - JOUR AU - Chereji, R. V. AU - Ocampo, J. AU - Clark, D. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - MNase-sensitive complexes in yeast: nucleosomes and non-histone barriers JO - Mol Cell VL - 65 ID - Chereji2017 ER - TY - JOUR AU - Ramachandran, S. AU - Zentner, G. E. AU - Henikoff, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Asymmetric nucleosomes flank promoters in the budding yeast genome JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.182618.114 DO - 10.1101/gr.182618.114 ID - Ramachandran2015 ER - TY - JOUR AU - Pelechano, V. AU - Chavez, S. AU - Perez-Ortin, J. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - A complete set of nascent transcription rates for yeast genes JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015442 DO - 10.1371/journal.pone.0015442 ID - Pelechano2010 ER - TY - JOUR AU - Gomez-Herreros, F. AU - Miguel-Jimenez, L. AU - Morillo-Huesca, M. AU - Delgado-Ramos, L. AU - Munoz-Centeno, M. C. AU - Chavez, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - TFIIS is required for the balanced expression of the genes encoding ribosomal components under transcriptional stress JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks340 DO - 10.1093/nar/gks340 ID - Gomez-Herreros2012 ER - TY - JOUR AU - Perez-Ortin, J. E. AU - Miguel-Jimenez, L. AU - Chavez, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide studies of mRNA synthesis and degradation in eukaryotes JO - Biochim Biophys Acta VL - 1819 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2011.12.002 DO - 10.1016/j.bbagrm.2011.12.002 ID - Perez-Ortin2012 ER - TY - JOUR AU - Martinez-Campa, C. AU - Politis, P. AU - Moreau, J. L. AU - Kent, N. AU - Goodall, J. AU - Mellor, J. AU - Goding, C. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Precise nucleosome positioning and the TATA box dictate requirements for the histone H4 tail and the bromodomain factor Bdf1 JO - Mol Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.05.022 DO - 10.1016/j.molcel.2004.05.022 ID - Martinez-Campa2004 ER - TY - JOUR AU - Henikoff, J. G. AU - Belsky, J. A. AU - Krassovsky, K. AU - MacAlpine, D. M. AU - Henikoff, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epigenome characterization at single base-pair resolution JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1110731108 DO - 10.1073/pnas.1110731108 ID - Henikoff2011 ER - TY - JOUR AU - Trifonov, E. N. AU - Sussman, J. L. PY - 1980 DA - 1980// TI - The pitch of chromatin DNA is reflected in its nucleotide sequence JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 77 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.77.7.3816 DO - 10.1073/pnas.77.7.3816 ID - Trifonov1980 ER - TY - JOUR AU - Zhou, X. AU - Blocker, A. W. AU - Airoldi, E. M. AU - O’Shea, E. K. PY - 2016 DA - 2016// TI - A computational approach to map nucleosome positions and alternative chromatin states with base pair resolution JO - Elife VL - 5 ID - Zhou2016 ER - TY - JOUR AU - Gkikopoulos, T. AU - Schofield, P. AU - Singh, V. AU - Pinskaya, M. AU - Mellor, J. AU - Smolle, M. AU - Workman, J. L. AU - Barton, G. J. AU - Owen-Hughes, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - A role for Snf2-related nucleosome-spacing enzymes in genome-wide nucleosome organization JO - Science VL - 333 UR - https://doi.org/10.1126/science.1206097 DO - 10.1126/science.1206097 ID - Gkikopoulos2011 ER - TY - JOUR AU - Morillon, A. AU - Karabetsou, N. AU - O’Sullivan, J. AU - Kent, N. AU - Proudfoot, N. AU - Mellor, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Isw1 chromatin remodeling ATPase coordinates transcription elongation and termination by RNA polymerase II JO - Cell VL - 115 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)00880-8 DO - 10.1016/S0092-8674(03)00880-8 ID - Morillon2003 ER - TY - JOUR AU - Kim, B. AU - Nesvizhskii, A. I. AU - Rani, P. G. AU - Hahn, S. AU - Aebersold, R. AU - Ranish, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The transcription elongation factor TFIIS is a component of RNA polymerase II preinitiation complexes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0704573104 DO - 10.1073/pnas.0704573104 ID - Kim2007 ER - TY - JOUR AU - Guglielmi, B. AU - Soutourina, J. AU - Esnault, C. AU - Werner, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - TFIIS elongation factor and Mediator act in conjunction during transcription initiation in vivo JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0704534104 DO - 10.1073/pnas.0704534104 ID - Guglielmi2007 ER - TY - JOUR AU - Prather, D. M. AU - Larschan, E. AU - Winston, F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence that the elongation factor TFIIS plays a role in transcription initiation at GAL1 in Saccharomyces cerevisiae JO - Mol Cell Biol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.25.7.2650-2659.2005 DO - 10.1128/MCB.25.7.2650-2659.2005 ID - Prather2005 ER - TY - JOUR AU - Nock, A. AU - Ascano, J. M. AU - Barrero, M. J. AU - Malik, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Mediator-regulated transcription through the + 1 nucleosome JO - Mol Cell VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.10.009 DO - 10.1016/j.molcel.2012.10.009 ID - Nock2012 ER - TY - JOUR AU - Guermah, M. AU - Kim, J. AU - Roeder, R. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcription of in vitro assembled chromatin templates in a highly purified RNA polymerase II system JO - Methods VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2009.02.022 DO - 10.1016/j.ymeth.2009.02.022 ID - Guermah2009 ER - TY - JOUR AU - Luse, D. S. AU - Spangler, L. C. AU - Ujvari, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Efficient and rapid nucleosome traversal by RNA polymerase II depends on a combination of transcript elongation factors JO - J Biol Chem VL - 286 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M110.174722 DO - 10.1074/jbc.M110.174722 ID - Luse2011 ER - TY - JOUR AU - Sigurdsson, S. AU - Dirac-Svejstrup, A. B. AU - Svejstrup, J. Q. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evidence that transcript cleavage is essential for RNA polymerase II transcription and cell viability JO - Mol Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.02.026 DO - 10.1016/j.molcel.2010.02.026 ID - Sigurdsson2010 ER - TY - JOUR AU - Schwabish, M. A. AU - Struhl, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evidence for eviction and rapid deposition of histones upon transcriptional elongation by RNA polymerase II JO - Mol Cell Biol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.24.23.10111-10117.2004 DO - 10.1128/MCB.24.23.10111-10117.2004 ID - Schwabish2004 ER - TY - JOUR AU - Kulaeva, O. I. AU - Gaykalova, D. A. AU - Pestov, N. A. AU - Golovastov, V. V. AU - Vassylyev, D. G. AU - Artsimovitch, I. AU - Studitsky, V. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mechanism of chromatin remodeling and recovery during passage of RNA polymerase II JO - Nat Struct Mol Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1689 DO - 10.1038/nsmb.1689 ID - Kulaeva2009 ER - TY - JOUR AU - Bintu, L. AU - Kopaczynska, M. AU - Hodges, C. AU - Lubkowska, L. AU - Kashlev, M. AU - Bustamante, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The elongation rate of RNA polymerase determines the fate of transcribed nucleosomes JO - Nat Struct Mol Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2164 DO - 10.1038/nsmb.2164 ID - Bintu2011 ER - TY - JOUR AU - Kuryan, B. G. AU - Kim, J. AU - Tran, N. N. AU - Lombardo, S. R. AU - Venkatesh, S. AU - Workman, J. L. AU - Carey, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Histone density is maintained during transcription mediated by the chromatin remodeler RSC and histone chaperone NAP1 in vitro JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1109994109 DO - 10.1073/pnas.1109994109 ID - Kuryan2012 ER - TY - JOUR AU - Gaykalova, D. A. AU - Kulaeva, O. I. AU - Volokh, O. AU - Shaytan, A. K. AU - Hsieh, F. K. AU - Kirpichnikov, M. P. AU - Sokolova, O. S. AU - Studitsky, V. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Structural analysis of nucleosomal barrier to transcription JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1508371112 DO - 10.1073/pnas.1508371112 ID - Gaykalova2015 ER - TY - JOUR AU - Xu, Z. AU - Wei, W. AU - Gagneur, J. AU - Perocchi, F. AU - Clauder-Munster, S. AU - Camblong, J. AU - Guffanti, E. AU - Stutz, F. AU - Huber, W. AU - Steinmetz, L. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bidirectional promoters generate pervasive transcription in yeast JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07728 DO - 10.1038/nature07728 ID - Xu2009 ER -