Skip to main content

Table 1 Frequency of various core promoter elements in non-target genes, GAF target genes and each GAF rank

From: GAGA factor, a positive regulator of global gene expression, modulates transcriptional pausing and organization of upstream nucleosomes

Motif

Non-GAF targets

GAF targets

GAF-I

GAF-II

GAF-III

GAF-IV

DRE

9.05 %

9.89 %

20.65 %

12.09 %

18.68 %

3.30 %

Motif 1

13.32 %

15.18 %

23.91 %

19.78 %

9.89 %

9.89 %

Motif 5

5.67 %

6.24 %

8.70 %

6.59 %

4.40 %

6.59 %

Motif 6

15.72 %

14.17 %

17.39 %

16.48 %

12.09 %

7.69 %

Motif 7

11.70 %

13.38 %

21.74 %

20.88 %

9.89 %

6.59 %

DPE

2.12 %

3.60 %

1.09 %

1.10 %

5.49 %

7.69 %

INR

3.33 %

5.98 %

5.43 %

10.99 %

7.69 %

7.69 %

MTE

2.02 %

4.92 %

4.35 %

3.30 %

5.49 %

8.79 %

TATA box

6.29 %

3.75 %

6.52 %

4.40 %

2.20 %

1.10 %

Gene number

13,774

1891

92

91

91

91

  1. Each element was screened by MEME with p value <0.005