TY - JOUR AU - Thurman, R. E. AU - Rynes, E. AU - Humbert, R. AU - Vierstra, J. AU - Maurano, M. T. AU - Haugen, E. AU - Sheffield, N. C. AU - Stergachis, A. B. AU - Wang, H. AU - Vernot, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - The accessible chromatin landscape of the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11232 DO - 10.1038/nature11232 ID - Thurman2012 ER - TY - JOUR AU - Song, L. Y. AU - Zhang, Z. C. AU - Grasfeder, L. L. AU - Boyle, A. P. AU - Giresi, P. G. AU - Lee, B. K. AU - Sheffield, N. C. AU - Graf, S. AU - Huss, M. AU - Keefe, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.121541.111 DO - 10.1101/gr.121541.111 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Voss, T. C. AU - Hager, G. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Dynamic regulation of transcriptional states by chromatin and transcription factors JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3623 DO - 10.1038/nrg3623 ID - Voss2014 ER - TY - JOUR AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Snyder, M. AU - Hardison, R. AU - Ren, B. AU - Gingeras, T. AU - Gilbert, D. M. AU - Groudine, M. AU - Bender, M. AU - Kaul, R. AU - Canfield, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - An encyclopedia of mouse DNA elements (Mouse ENCODE) JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-8-418 DO - 10.1186/gb-2012-13-8-418 ID - Stamatoyannopoulos2012 ER - TY - JOUR AU - McDaniell, R. AU - Lee, B. K. AU - Song, L. AU - Liu, Z. AU - Boyle, A. P. AU - Erdos, M. R. AU - Scott, L. J. AU - Morken, M. A. AU - Kucera, K. S. AU - Battenhouse, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Heritable individual-specific and allele-specific chromatin signatures in humans JO - Science VL - 328 UR - https://doi.org/10.1126/science.1184655 DO - 10.1126/science.1184655 ID - McDaniell2010 ER - TY - JOUR AU - Kasowski, M. AU - Kyriazopoulou-Panagiotopoulou, S. AU - Grubert, F. AU - Zaugg, J. B. AU - Kundaje, A. AU - Liu, Y. AU - Boyle, A. P. AU - Zhang, Q. C. AU - Zakharia, F. AU - Spacek, D. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Extensive variation in chromatin states across humans JO - Science VL - 342 UR - https://doi.org/10.1126/science.1242510 DO - 10.1126/science.1242510 ID - Kasowski2013 ER - TY - JOUR AU - Hosseini, M. AU - Goodstadt, L. AU - Hughes, J. R. AU - Kowalczyk, M. S. AU - Gobbi, M. AU - Otto, G. W. AU - Copley, R. R. AU - Mott, R. AU - Higgs, D. R. AU - Flint, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Causes and consequences of chromatin variation between inbred mice JO - PLoS Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003570 DO - 10.1371/journal.pgen.1003570 ID - Hosseini2013 ER - TY - JOUR AU - Degner, J. F. AU - Pai, A. A. AU - Pique-Regi, R. AU - Veyrieras, J. B. AU - Gaffney, D. J. AU - Pickrell, J. K. AU - Leon, S. AU - Michelini, K. AU - Lewellen, N. AU - Crawford, G. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - DNase I sensitivity QTLs are a major determinant of human expression variation JO - Nature VL - 482 UR - https://doi.org/10.1038/nature10808 DO - 10.1038/nature10808 ID - Degner2012 ER - TY - JOUR AU - Ewing, A. D. AU - Kazazian, H. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - High-throughput sequencing reveals extensive variation in human-specific L1 content in individual human genomes JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.106419.110 DO - 10.1101/gr.106419.110 ID - Ewing2010 ER - TY - JOUR AU - Nellaker, C. AU - Keane, T. M. AU - Yalcin, B. AU - Wong, K. AU - Agam, A. AU - Belgard, T. G. AU - Flint, J. AU - Adams, D. J. AU - Frankel, W. N. AU - Ponting, C. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - The genomic landscape shaped by selection on transposable elements across 18 mouse strains JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-6-r45 DO - 10.1186/gb-2012-13-6-r45 ID - Nellaker2012 ER - TY - JOUR AU - Waterston, R. H. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Birney, E. AU - Rogers, J. AU - Abril, J. F. AU - Agarwal, P. AU - Agarwala, R. AU - Ainscough, R. AU - Alexandersson, M. AU - An, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome JO - Nature VL - 420 UR - https://doi.org/10.1038/nature01262 DO - 10.1038/nature01262 ID - Waterston2002 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Linton, L. M. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Zody, M. C. AU - Baldwin, J. AU - Devon, K. AU - Dewar, K. AU - Doyle, M. AU - FitzHugh, W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Initial sequencing and analysis of the human genome JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057062 DO - 10.1038/35057062 ID - Lander2001 ER - TY - JOUR AU - Jern, P. AU - Coffin, J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Effects of retroviruses on host genome function JO - Annu Rev Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.42.110807.091501 DO - 10.1146/annurev.genet.42.110807.091501 ID - Jern2008 ER - TY - JOUR AU - Hancks, D. C. AU - Kazazian, H. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Active human retrotransposons: variation and disease JO - Curr Opin Genet Dev VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2012.02.006 DO - 10.1016/j.gde.2012.02.006 ID - Hancks2012 ER - TY - JOUR AU - Slotkin, R. K. AU - Martienssen, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Transposable elements and the epigenetic regulation of the genome JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2072 DO - 10.1038/nrg2072 ID - Slotkin2007 ER - TY - JOUR AU - Mita, P. AU - Boeke, J. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - How retrotransposons shape genome regulation JO - Curr Opin Genet Dev VL - 37 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2016.01.001 DO - 10.1016/j.gde.2016.01.001 ID - Mita2016 ER - TY - JOUR AU - Levin, H. L. AU - Moran, J. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dynamic interactions between transposable elements and their hosts JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3030 DO - 10.1038/nrg3030 ID - Levin2011 ER - TY - JOUR AU - Yoder, J. A. AU - Walsh, C. P. AU - Bestor, T. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites JO - Trends Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(97)01181-5 DO - 10.1016/S0168-9525(97)01181-5 ID - Yoder1997 ER - TY - JOUR AU - Xie, M. C. AU - Hong, C. B. AU - Zhang, B. AU - Lowdon, R. F. AU - Xing, X. Y. AU - Li, D. F. AU - Zhou, X. AU - Lee, H. J. AU - Maire, C. L. AU - Ligon, K. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA hypomethylation within specific transposable element families associates with tissue-specific enhancer landscape JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2649 DO - 10.1038/ng.2649 ID - Xie2013 ER - TY - JOUR AU - Faulkner, G. J. AU - Kimura, Y. AU - Daub, C. O. AU - Wani, S. AU - Plessy, C. AU - Irvine, K. M. AU - Schroder, K. AU - Cloonan, N. AU - Steptoe, A. L. AU - Lassmann, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - The regulated retrotransposon transcriptome of mammalian cells JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.368 DO - 10.1038/ng.368 ID - Faulkner2009 ER - TY - JOUR AU - Chuong, E. B. AU - Elde, N. C. AU - Feschotte, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Regulatory evolution of innate immunity through co-option of endogenous retroviruses JO - Science VL - 351 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad5497 DO - 10.1126/science.aad5497 ID - Chuong2016 ER - TY - JOUR AU - Cordaux, R. AU - Batzer, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The impact of retrotransposons on human genome evolution JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2640 DO - 10.1038/nrg2640 ID - Cordaux2009 ER - TY - JOUR AU - Cowley, M. AU - Oakey, R. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transposable elements re-wire and fine-tune the transcriptome JO - PLoS Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003234 DO - 10.1371/journal.pgen.1003234 ID - Cowley2013 ER - TY - JOUR AU - Sundaram, V. AU - Cheng, Y. AU - Ma, Z. AU - Li, D. AU - Xing, X. AU - Edge, P. AU - Snyder, M. P. AU - Wang, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Widespread contribution of transposable elements to the innovation of gene regulatory networks JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.168872.113 DO - 10.1101/gr.168872.113 ID - Sundaram2014 ER - TY - JOUR AU - Marino-Ramirez, L. AU - Jordan, I. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transposable element derived DNaseI-hypersensitive sites in the human genome JO - Biol Direct VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1745-6150-1-20 DO - 10.1186/1745-6150-1-20 ID - Marino-Ramirez2006 ER - TY - JOUR AU - Jacques, P. E. AU - Jeyakani, J. AU - Bourque, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - The majority of primate-specific regulatory sequences are derived from transposable elements JO - PLoS Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003504 DO - 10.1371/journal.pgen.1003504 ID - Jacques2013 ER - TY - JOUR AU - Bourque, G. AU - Leong, B. AU - Vega, V. B. AU - Chen, X. AU - Lee, Y. L. AU - Srinivasan, K. G. AU - Chew, J. L. AU - Ruan, Y. AU - Wei, C. L. AU - Ng, H. H. AU - Liu, E. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evolution of the mammalian transcription factor binding repertoire via transposable elements JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.080663.108 DO - 10.1101/gr.080663.108 ID - Bourque2008 ER - TY - JOUR AU - Parks, B. W. AU - Nam, E. AU - Org, E. AU - Kostem, E. AU - Norheim, F. AU - Hui, S. T. AU - Pan, C. AU - Civelek, M. AU - Rau, C. D. AU - Bennett, B. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genetic control of obesity and gut microbiota composition in response to high-fat, high-sucrose diet in mice JO - Cell Metab VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2012.12.007 DO - 10.1016/j.cmet.2012.12.007 ID - Parks2013 ER - TY - JOUR AU - Giresi, P. G. AU - Kim, J. AU - McDaniell, R. M. AU - Iyer, V. R. AU - Lieb, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - FAIRE (formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements) isolates active regulatory elements from human chromatin JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5533506 DO - 10.1101/gr.5533506 ID - Giresi2007 ER - TY - JOUR AU - Montgomery, M. K. AU - Hallahan, N. L. AU - Brown, S. H. AU - Liu, M. AU - Mitchell, T. W. AU - Cooney, G. J. AU - Turner, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mouse strain-dependent variation in obesity and glucose homeostasis in response to high-fat feeding JO - Diabetologia VL - 56 UR - https://doi.org/10.1007/s00125-013-2846-8 DO - 10.1007/s00125-013-2846-8 ID - Montgomery2013 ER - TY - JOUR AU - Hui, S. T. AU - Parks, B. W. AU - Org, E. AU - Norheim, F. AU - Che, N. AU - Pan, C. AU - Castellani, L. W. AU - Charugundla, S. AU - Dirks, D. L. AU - Psychogios, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - The genetic architecture of NAFLD among inbred strains of mice JO - Elife VL - 4 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.05607 DO - 10.7554/eLife.05607 ID - Hui2015 ER - TY - JOUR AU - Cohen, J. C. AU - Horton, J. D. AU - Hobbs, H. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human fatty liver disease: old questions and new insights JO - Science VL - 332 UR - https://doi.org/10.1126/science.1204265 DO - 10.1126/science.1204265 ID - Cohen2011 ER - TY - JOUR AU - Keane, T. M. AU - Goodstadt, L. AU - Danecek, P. AU - White, M. A. AU - Wong, K. AU - Yalcin, B. AU - Heger, A. AU - Agam, A. AU - Slater, G. AU - Goodson, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mouse genomic variation and its effect on phenotypes and gene regulation JO - Nature VL - 477 UR - https://doi.org/10.1038/nature10413 DO - 10.1038/nature10413 ID - Keane2011 ER - TY - JOUR AU - Boyle, A. P. AU - Guinney, J. AU - Crawford, G. E. AU - Furey, T. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - F-Seq: a feature density estimator for high-throughput sequence tags JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn480 DO - 10.1093/bioinformatics/btn480 ID - Boyle2008 ER - TY - JOUR AU - Li, Q. H. AU - Brown, J. B. AU - Huang, H. Y. AU - Bickel, P. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Measuring reproducibility of high-throughput experiments JO - Ann Appl Stat VL - 5 UR - https://doi.org/10.1214/11-AOAS466 DO - 10.1214/11-AOAS466 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential expression analysis for sequence count data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r106 ID - Anders2010 ER - TY - STD TI - RepeatMasker Open-3.0. http://www.repeatmasker.org. UR - http://www.repeatmasker.org ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Su, M. AU - Han, D. L. AU - Boyd-Kirkup, J. AU - Yu, X. M. AU - Han, J. D. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Evolution of Alu elements toward enhancers JO - Cell Reports VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.03.011 DO - 10.1016/j.celrep.2014.03.011 ID - Su2014 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Criscione, S. W. AU - Zhang, Y. AU - Thompson, W. AU - Sedivy, J. M. AU - Neretti, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Transcriptional landscape of repetitive elements in normal and cancer human cells JO - BMC Genom VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-583 DO - 10.1186/1471-2164-15-583 ID - Criscione2014 ER - TY - JOUR AU - Jin, Y. AU - Tam, O. H. AU - Paniagua, E. AU - Hammell, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - TEtranscripts: a package for including transposable elements in differential expression analysis of RNA-seq datasets JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv422 DO - 10.1093/bioinformatics/btv422 ID - Jin2015 ER - TY - JOUR AU - Kunarso, G. AU - Chia, N. Y. AU - Jeyakani, J. AU - Hwang, C. AU - Lu, X. Y. AU - Chan, Y. S. AU - Ng, H. H. AU - Bourque, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transposable elements have rewired the core regulatory network of human embryonic stem cells JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.600 DO - 10.1038/ng.600 ID - Kunarso2010 ER - TY - JOUR AU - Stefflova, K. AU - Thybert, D. AU - Wilson, M. D. AU - Streeter, I. AU - Aleksic, J. AU - Karagianni, P. AU - Brazma, A. AU - Adams, D. J. AU - Talianidis, I. AU - Marioni, J. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cooperativity and rapid evolution of cobound transcription factors in closely related mammals JO - Cell VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.07.007 DO - 10.1016/j.cell.2013.07.007 ID - Stefflova2013 ER - TY - JOUR AU - Gao, B. AU - Wang, H. AU - Lafdil, F. AU - Feng, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - STAT proteins—key regulators of anti-viral responses, inflammation, and tumorigenesis in the liver JO - J Hepatol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1016/j.jhep.2012.01.029 DO - 10.1016/j.jhep.2012.01.029 ID - Gao2012 ER - TY - JOUR AU - Kang, K. AU - Robinson, G. W. AU - Hennighausen, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comprehensive meta-analysis of signal transducers and activators of transcription (STAT) genomic binding patterns discerns cell-specific cis-regulatory modules JO - BMC Genom VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-4 DO - 10.1186/1471-2164-14-4 ID - Kang2013 ER - TY - JOUR AU - Bonham, A. J. AU - Wenta, N. AU - Osslund, L. M. AU - Prussin, A. J. AU - Vinkemeier, U. AU - Reich, N. O. PY - 2013 DA - 2013// TI - STAT1:DNA sequence-dependent binding modulation by phosphorylation, protein:protein interactions and small-molecule inhibition JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1085 DO - 10.1093/nar/gks1085 ID - Bonham2013 ER - TY - JOUR AU - Pique-Regi, R. AU - Degner, J. F. AU - Pai, A. A. AU - Gaffney, D. J. AU - Gilad, Y. AU - Pritchard, J. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Accurate inference of transcription factor binding from DNA sequence and chromatin accessibility data JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.112623.110 DO - 10.1101/gr.112623.110 ID - Pique-Regi2011 ER - TY - JOUR AU - Inoue, H. AU - Ogawa, W. AU - Ozaki, M. AU - Haga, S. AU - Matsumoto, M. AU - Furukawa, K. AU - Hashimoto, N. AU - Kido, Y. AU - Mori, T. AU - Sakaue, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Role of STAT-3 in regulation of hepatic gluconeogenic genes and carbohydrate metabolism in vivo JO - Nat Med VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nm980 DO - 10.1038/nm980 ID - Inoue2004 ER - TY - JOUR AU - McLean, C. Y. AU - Bristor, D. AU - Hiller, M. AU - Clarke, S. L. AU - Schaar, B. T. AU - Lowe, C. B. AU - Wenger, A. M. AU - Bejerano, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - GREAT improves functional interpretation of cis-regulatory regions JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1630 DO - 10.1038/nbt.1630 ID - McLean2010 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Rui, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Major urinary protein regulation of chemical communication and nutrient metabolism JO - Vitam Horm VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/S0083-6729(10)83006-7 DO - 10.1016/S0083-6729(10)83006-7 ID - Zhou2010 ER - TY - JOUR AU - Cheetham, S. A. AU - Smith, A. L. AU - Armstrong, S. D. AU - Beynon, R. J. AU - Hurst, J. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Limited variation in the major urinary proteins of laboratory mice JO - Physiol Behav VL - 96 UR - https://doi.org/10.1016/j.physbeh.2008.10.005 DO - 10.1016/j.physbeh.2008.10.005 ID - Cheetham2009 ER - TY - JOUR AU - Thoss, M. AU - Luzynski, K. C. AU - Ante, M. AU - Miller, I. AU - Penn, D. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Major urinary protein (MUP) profiles show dynamic changes rather than individual ‘barcode’ signatures JO - Front Ecol Evol VL - 3 UR - https://doi.org/10.3389/fevo.2015.00071 DO - 10.3389/fevo.2015.00071 ID - Thoss2015 ER - TY - JOUR AU - Xu, J. L. AU - Kulkarni, S. R. AU - Li, L. Y. AU - Slitt, A. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - UDP-glucuronosyltransferase expression in mouse liver is increased in obesity—and fasting-induced steatosis JO - Drug Metab Dispos VL - 40 UR - https://doi.org/10.1124/dmd.111.039925 DO - 10.1124/dmd.111.039925 ID - Xu2012 ER - TY - JOUR AU - Mihaylova, M. M. AU - Shaw, R. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Metabolic reprogramming by class I and II histone deacetylases JO - Trends Endocrinol Metab VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tem.2012.09.003 DO - 10.1016/j.tem.2012.09.003 ID - Mihaylova2013 ER - TY - JOUR AU - Leung, A. AU - Parks, B. W. AU - Du, J. AU - Trac, C. AU - Setten, R. AU - Chen, Y. AU - Brown, K. AU - Lusis, A. J. AU - Natarajan, R. AU - Schones, D. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Open chromatin profiling in mice livers reveals unique chromatin variations induced by high fat diet JO - J Biol Chem VL - 289 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M114.581439 DO - 10.1074/jbc.M114.581439 ID - Leung2014 ER - TY - JOUR AU - Besic, V. AU - Stubbs, R. S. AU - Hayes, M. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Liver ENPP1 protein increases with remission of type 2 diabetes after gastric bypass surgery JO - BMC Gastroenterol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/s12876-014-0222-x DO - 10.1186/s12876-014-0222-x ID - Besic2014 ER - TY - JOUR AU - Orozco, L. D. AU - Morselli, M. AU - Rubbi, L. AU - Guo, W. AU - Go, J. AU - Shi, H. AU - Lopez, D. AU - Furlotte, N. A. AU - Bennett, B. J. AU - Farber, C. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Epigenome-wide association of liver methylation patterns and complex metabolic traits in mice JO - Cell Metab VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2015.04.025 DO - 10.1016/j.cmet.2015.04.025 ID - Orozco2015 ER - TY - JOUR AU - Leung, A. AU - Trac, C. AU - Du, J. AU - Natarajan, R. AU - Schones, D. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Persistent chromatin modifications induced by high fat diet JO - J Biol Chem VL - 291 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M115.711028 DO - 10.1074/jbc.M115.711028 ID - Leung2016 ER - TY - JOUR AU - Zeevi, D. AU - Korem, T. AU - Zmora, N. AU - Israeli, D. AU - Rothschild, D. AU - Weinberger, A. AU - Ben-Yacov, O. AU - Lador, D. AU - Avnit-Sagi, T. AU - Lotan-Pompan, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Personalized nutrition by prediction of glycemic responses JO - Cell VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.11.001 DO - 10.1016/j.cell.2015.11.001 ID - Zeevi2015 ER - TY - JOUR AU - Oey, H. AU - Isbel, L. AU - Hickey, P. AU - Ebaid, B. AU - Whitelaw, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genetic and epigenetic variation among inbred mouse littermates: identification of inter-individual differentially methylated regions JO - Epigenetics Chromatin VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13072-015-0047-z DO - 10.1186/s13072-015-0047-z ID - Oey2015 ER - TY - JOUR AU - Baik, M. AU - Yu, J. H. AU - Hennighausen, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Growth hormone-STAT5 regulation of growth, hepatocellular carcinoma, and liver metabolism JO - Ann NY Acad Sci VL - 1229 UR - https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2011.06100.x DO - 10.1111/j.1749-6632.2011.06100.x ID - Baik2011 ER - TY - JOUR AU - Meli, R. AU - Raso, G. M. AU - Irace, C. AU - Simeoli, R. AU - Pascale, A. AU - Paciello, O. AU - Pagano, T. B. AU - Calignano, A. AU - Colonna, A. AU - Santamaria, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - High fat diet induces liver steatosis and early dysregulation of iron metabolism in Rats JO - PLOS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066570 DO - 10.1371/journal.pone.0066570 ID - Meli2013 ER - TY - JOUR AU - MacQuarrie, K. L. AU - Fong, A. P. AU - Morse, R. H. AU - Tapscott, S. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome-wide transcription factor binding: beyond direct target regulation JO - Trends Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2011.01.001 DO - 10.1016/j.tig.2011.01.001 ID - MacQuarrie2011 ER - TY - JOUR AU - Duhl, D. M. J. AU - Vrieling, H. AU - Miller, K. A. AU - Wolff, G. L. AU - Barsh, G. S. PY - 1994 DA - 1994// TI - Neomorphic agouti mutations in obese yellow mice JO - Nat Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ng0994-59 DO - 10.1038/ng0994-59 ID - Duhl1994 ER - TY - JOUR AU - Morgan, H. D. AU - Sutherland, H. G. E. AU - Martin, D. I. K. AU - Whitelaw, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Epigenetic inheritance at the agouti locus in the mouse JO - Nat Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/15490 DO - 10.1038/15490 ID - Morgan1999 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at UCSC JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 DO - 10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Marco-Sola, S. AU - Sammeth, M. AU - Guigo, R. AU - Ribeca, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - The GEM mapper: fast, accurate and versatile alignment by filtration JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2221 DO - 10.1038/nmeth.2221 ID - Marco-Sola2012 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Hicks, S. C. AU - Irizarry, R. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Quantro: a data-driven approach to guide the choice of an appropriate normalization method JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0679-0 DO - 10.1186/s13059-015-0679-0 ID - Hicks2015 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. AU - Benner, C. AU - Spann, N. AU - Bertolino, E. AU - Lin, Y. C. AU - Laslo, P. AU - Cheng, J. X. AU - Murre, C. AU - Singh, H. AU - Glass, C. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities JO - Mol Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.05.004 DO - 10.1016/j.molcel.2010.05.004 ID - Heinz2010 ER - TY - JOUR AU - Schones, D. E. AU - Sumazin, P. AU - Zhang, M. Q. PY - 2005 DA - 2005// TI - Similarity of position frequency matrices for transcription factor binding sites JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth480 DO - 10.1093/bioinformatics/bth480 ID - Schones2005 ER - TY - JOUR AU - Ran, F. A. AU - Hsu, P. D. AU - Wright, J. AU - Agarwala, V. AU - Scott, D. A. AU - Zhang, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system JO - Nat Protoc VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2013.143 DO - 10.1038/nprot.2013.143 ID - Ran2013 ER -