TY - JOUR AU - Groote, M. L. AU - Verschure, P. J. AU - Rots, M. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Epigenetic Editing: targeted rewriting of epigenetic marks to modulate expression of selected target genes JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks863 DO - 10.1093/nar/gks863 ID - Groote2012 ER - TY - JOUR AU - Jurkowski, T. P. AU - Ravichandran, M. AU - Stepper, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Synthetic epigenetics-towards intelligent control of epigenetic states and cell identity JO - Clin Epigenetics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/s13148-015-0044-x DO - 10.1186/s13148-015-0044-x ID - Jurkowski2015 ER - TY - JOUR AU - Ramalingam, S. AU - Annaluru, N. AU - Chandrasegaran, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - A CRISPR way to engineer the human genome JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-2-107 DO - 10.1186/gb-2013-14-2-107 ID - Ramalingam2013 ER - TY - JOUR AU - Gaj, T. AU - Gersbach, C. A. AU - Barbas, C. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-based methods for genome engineering JO - Trends Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2013.04.004 DO - 10.1016/j.tibtech.2013.04.004 ID - Gaj2013 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Clark, K. J. AU - Campbell, J. M. AU - Panetta, M. R. AU - Guo, Y. AU - Ekker, S. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Making designer mutants in model organisms JO - Development VL - 141 UR - https://doi.org/10.1242/dev.102186 DO - 10.1242/dev.102186 ID - Peng2014 ER - TY - JOUR AU - Kim, Y. G. AU - Cha, J. AU - Chandrasegaran, S. PY - 1996 DA - 1996// TI - Hybrid restriction enzymes: zinc finger fusions to Fok I cleavage domain JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.3.1156 DO - 10.1073/pnas.93.3.1156 ID - Kim1996 ER - TY - JOUR AU - Bibikova, M. AU - Carroll, D. AU - Segal, D. J. AU - Trautman, J. K. AU - Smith, J. AU - Kim, Y. G. AU - Chandrasegaran, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Stimulation of homologous recombination through targeted cleavage by chimeric nucleases JO - Mol Cell Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.21.1.289-297.2001 DO - 10.1128/MCB.21.1.289-297.2001 ID - Bibikova2001 ER - TY - JOUR AU - Urnov, F. D. AU - Rebar, E. J. AU - Holmes, M. C. AU - Zhang, H. S. AU - Gregory, P. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome editing with engineered zinc finger nucleases JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2842 DO - 10.1038/nrg2842 ID - Urnov2010 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Stormo, G. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Context-dependent DNA recognition code for C2H2 zinc-finger transcription factors JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn331 DO - 10.1093/bioinformatics/btn331 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Sanjana, N. E. AU - Cong, L. AU - Zhou, Y. AU - Cunniff, M. M. AU - Feng, G. AU - Zhang, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - A transcription activator-like effector toolbox for genome engineering JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2011.431 DO - 10.1038/nprot.2011.431 ID - Sanjana2012 ER - TY - JOUR AU - Sun, N. AU - Zhao, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcription activator-like effector nucleases (TALENs): a highly efficient and versatile tool for genome editing JO - Biotechnol Bioeng VL - 110 UR - https://doi.org/10.1002/bit.24890 DO - 10.1002/bit.24890 ID - Sun2013 ER - TY - JOUR AU - Deng, D. AU - Yan, C. AU - Wu, J. AU - Pan, X. AU - Yan, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Revisiting the TALE repeat JO - Protein Cell VL - 5 UR - https://doi.org/10.1007/s13238-014-0035-2 DO - 10.1007/s13238-014-0035-2 ID - Deng2014 ER - TY - JOUR AU - Boch, J. AU - Scholze, H. AU - Schornack, S. AU - Landgraf, A. AU - Hahn, S. AU - Kay, S. AU - Lahaye, T. AU - Nickstadt, A. AU - Bonas, U. PY - 2009 DA - 2009// TI - Breaking the code of DNA binding specificity of TAL-type III effectors JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1178811 DO - 10.1126/science.1178811 ID - Boch2009 ER - TY - JOUR AU - Moscou, M. J. AU - Bogdanove, A. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A simple cipher governs DNA recognition by TAL effectors JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1178817 DO - 10.1126/science.1178817 ID - Moscou2009 ER - TY - JOUR AU - Christian, M. AU - Cermak, T. AU - Doyle, E. L. AU - Schmidt, C. AU - Zhang, F. AU - Hummel, A. AU - Bogdanove, A. J. AU - Voytas, D. F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Targeting DNA double-strand breaks with TAL effector nucleases JO - Genetics VL - 186 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.110.120717 DO - 10.1534/genetics.110.120717 ID - Christian2010 ER - TY - JOUR AU - Morbitzer, R. AU - Romer, P. AU - Boch, J. AU - Lahaye, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Regulation of selected genome loci using de novo-engineered transcription activator-like effector (TALE)-type transcription factors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1013133107 DO - 10.1073/pnas.1013133107 ID - Morbitzer2010 ER - TY - JOUR AU - Cong, L. AU - Zhou, R. AU - Kuo, Y. C. AU - Cunniff, M. AU - Zhang, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comprehensive interrogation of natural TALE DNA-binding modules and transcriptional repressor domains JO - Nat Commun VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms1962 DO - 10.1038/ncomms1962 ID - Cong2012 ER - TY - STD TI - Reyon D, Maeder ML, Khayter C, Tsai SQ, Foley JE, Sander JD, Joung JK. Engineering customized TALE nucleases (TALENs) and TALE transcription factors by fast ligation-based automatable solid-phase high-throughput (FLASH) assembly. Curr Protoc Mol Biol. 2013;Chapter 12:Unit 12.16. ID - ref18 ER - TY - JOUR AU - Maeder, M. L. AU - Thibodeau-Beganny, S. AU - Sander, J. D. AU - Voytas, D. F. AU - Joung, J. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Oligomerized pool engineering (OPEN): an ‘open-source’ protocol for making customized zinc-finger arrays JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2009.98 DO - 10.1038/nprot.2009.98 ID - Maeder2009 ER - TY - JOUR AU - Reddy, P. AU - Ocampo, A. AU - Suzuki, K. AU - Luo, J. AU - Bacman, S. R. AU - Williams, S. L. AU - Sugawara, A. AU - Okamura, D. AU - Tsunekawa, Y. AU - Wu, J. AU - Lam, D. AU - Xiong, X. AU - Montserrat, N. AU - Esteban, C. R. AU - Liu, G. H. AU - Sancho-Martinez, I. AU - Manau, D. AU - Civico, S. AU - Cardellach, F. AU - Mar O’Callaghan, M. AU - Campistol, J. AU - Zhao, H. AU - Campistol, J. M. AU - Moraes, C. T. AU - Izpisua Belmonte, J. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Selective elimination of mitochondrial mutations in the germline by genome editing JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.03.051 DO - 10.1016/j.cell.2015.03.051 ID - Reddy2015 ER - TY - JOUR AU - Hsu, P. D. AU - Scott, D. A. AU - Weinstein, J. A. AU - Ran, F. A. AU - Konermann, S. AU - Agarwala, V. AU - Li, Y. AU - Fine, E. J. AU - Wu, X. AU - Shalem, O. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2647 DO - 10.1038/nbt.2647 ID - Hsu2013 ER - TY - JOUR AU - Jinek, M. AU - Jiang, F. AU - Taylor, D. W. AU - Sternberg, S. H. AU - Kaya, E. AU - Ma, E. AU - Anders, C. AU - Hauer, M. AU - Zhou, K. AU - Lin, S. AU - Kaplan, M. AU - Iavarone, A. T. AU - Charpentier, E. AU - Nogales, E. AU - Doudna, J. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Structures of Cas9 endonucleases reveal RNA-mediated conformational activation JO - Science VL - 343 UR - https://doi.org/10.1126/science.1247997 DO - 10.1126/science.1247997 ID - Jinek2014 ER - TY - JOUR AU - Sternberg, S. H. AU - Redding, S. AU - Jinek, M. AU - Greene, E. C. AU - Doudna, J. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - DNA interrogation by the CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9 JO - Nature VL - 507 UR - https://doi.org/10.1038/nature13011 DO - 10.1038/nature13011 ID - Sternberg2014 ER - TY - JOUR AU - Ranganathan, V. AU - Wahlin, K. AU - Maruotti, J. AU - Zack, D. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Expansion of the CRISPR–Cas9 genome targeting space through the use of H1 promoter-expressed guide RNAs JO - Nat Commun VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms5516 DO - 10.1038/ncomms5516 ID - Ranganathan2014 ER - TY - JOUR AU - Ran, F. A. AU - Cong, L. AU - Yan, W. X. AU - Scott, D. A. AU - Gootenberg, J. S. AU - Kriz, A. J. AU - Zetsche, B. AU - Shalem, O. AU - Wu, X. AU - Makarova, K. S. AU - Koonin, E. V. AU - Sharp, P. A. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - In vivo genome editing using Staphylococcus aureus Cas9 JO - Nature VL - 520 UR - https://doi.org/10.1038/nature14299 DO - 10.1038/nature14299 ID - Ran2015 ER - TY - JOUR AU - Kleinstiver, B. P. AU - Prew, M. S. AU - Tsai, S. Q. AU - Topkar, V. V. AU - Nguyen, N. T. AU - Zheng, Z. AU - Gonzales, A. P. W. AU - Li, Z. AU - Peterson, R. T. AU - Yeh, J. J. AU - Aryee, M. J. AU - Joung, J. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Engineered CRISPR–Cas9 nucleases with altered PAM specificities JO - Nature VL - 523 UR - https://doi.org/10.1038/nature14592 DO - 10.1038/nature14592 ID - Kleinstiver2015 ER - TY - JOUR AU - Esvelt, K. M. AU - Mali, P. AU - Braff, J. L. AU - Moosburner, M. AU - Yaung, S. J. AU - Church, G. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2681 DO - 10.1038/nmeth.2681 ID - Esvelt2013 ER - TY - JOUR AU - Ran, F. A. AU - Hsu, P. D. AU - Wright, J. AU - Agarwala, V. AU - Scott, D. A. AU - Zhang, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome engineering using the CRISPR–Cas9 system JO - Nat Protoc VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2013.143 DO - 10.1038/nprot.2013.143 ID - Ran2013 ER - TY - JOUR AU - Larson, M. H. AU - Gilbert, L. A. AU - Wang, X. AU - Lim, W. A. AU - Weissman, J. S. AU - Qi, L. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - CRISPR interference (CRISPRi) for sequence-specific control of gene expression JO - Nat Protoc VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2013.132 DO - 10.1038/nprot.2013.132 ID - Larson2013 ER - TY - JOUR AU - Perez-Pinera, P. AU - Kocak, D. D. AU - Vockley, C. M. AU - Adler, A. F. AU - Kabadi, A. M. AU - Polstein, L. R. AU - Thakore, P. I. AU - Glass, K. A. AU - Ousterout, D. G. AU - Leong, K. W. AU - Guilak, F. AU - Crawford, G. E. AU - Reddy, T. E. AU - Gersbach, C. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - RNA-guided gene activation by CRISPR–Cas9-based transcription factors JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2600 DO - 10.1038/nmeth.2600 ID - Perez-Pinera2013 ER - TY - JOUR AU - Xie, S. AU - Shen, B. AU - Zhang, C. AU - Huang, X. AU - Zhang, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - sgRNAcas9: a software package for designing CRISPR sgRNA and evaluating potential off-target cleavage sites JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100448 DO - 10.1371/journal.pone.0100448 ID - Xie2014 ER - TY - JOUR AU - Cong, L. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome engineering using CRISPR–Cas9 system JO - Methods Mol Biol VL - 1239 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4939-1862-1_10 DO - 10.1007/978-1-4939-1862-1_10 ID - Cong2015 ER - TY - JOUR AU - Cong, L. AU - Ran, F. A. AU - Cox, D. AU - Lin, S. AU - Barretto, R. AU - Habib, N. AU - Hsu, P. D. AU - Wu, X. AU - Jiang, W. AU - Marraffini, L. A. AU - Zhang, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1231143 DO - 10.1126/science.1231143 ID - Cong2013 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Yang, H. AU - Shivalila, C. S. AU - Dawlaty, M. M. AU - Cheng, A. W. AU - Zhang, F. AU - Jaenisch, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - One-step generation of mice carrying mutations in multiple genes by CRISPR/Cas-mediated genome engineering JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.025 DO - 10.1016/j.cell.2013.04.025 ID - Wang2013 ER - TY - JOUR AU - Hwang, W. Y. AU - Fu, Y. AU - Reyon, D. AU - Maeder, M. L. AU - Tsai, S. Q. AU - Sander, J. D. AU - Peterson, R. T. AU - Yeh, J. R. AU - Joung, J. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Efficient genome editing in zebrafish using a CRISPR–Cas system JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2501 DO - 10.1038/nbt.2501 ID - Hwang2013 ER - TY - JOUR AU - Platt, R. J. AU - Chen, S. AU - Zhou, Y. AU - Yim, M. J. AU - Swiech, L. AU - Kempton, H. R. AU - Dahlman, J. E. AU - Parnas, O. AU - Eisenhaure, T. M. AU - Jovanovic, M. AU - Graham, D. B. AU - Jhunjhunwala, S. AU - Heidenreich, M. AU - Xavier, R. J. AU - Langer, R. AU - Anderson, D. G. AU - Hacohen, N. AU - Regev, A. AU - Feng, G. AU - Sharp, P. A. AU - Zhang, F. PY - 2014 DA - 2014// TI - CRISPR–Cas9 knockin mice for genome editing and cancer modeling JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.014 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.014 ID - Platt2014 ER - TY - JOUR AU - Aida, T. AU - Chiyo, K. AU - Usami, T. AU - Ishikubo, H. AU - Imahashi, R. AU - Wada, Y. AU - Tanaka, K. F. AU - Sakuma, T. AU - Yamamoto, T. AU - Tanaka, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cloning-free CRISPR/Cas system facilitates functional cassette knock-in in mice JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0653-x DO - 10.1186/s13059-015-0653-x ID - Aida2015 ER - TY - JOUR AU - Swiech, L. AU - Heidenreich, M. AU - Banerjee, A. AU - Habib, N. AU - Li, Y. AU - Trombetta, J. AU - Sur, M. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - In vivo interrogation of gene function in the mammalian brain using CRISPR–Cas9 JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3055 DO - 10.1038/nbt.3055 ID - Swiech2015 ER - TY - JOUR AU - Niu, Y. AU - Shen, B. AU - Cui, Y. AU - Chen, Y. AU - Wang, J. AU - Wang, L. AU - Kang, Y. AU - Zhao, X. AU - Si, W. AU - Li, W. AU - Xiang, A. P. AU - Zhou, J. AU - Guo, X. AU - Bi, Y. AU - Si, C. AU - Hu, B. AU - Dong, G. AU - Wang, H. AU - Zhou, Z. AU - Li, T. AU - Tan, T. AU - Pu, X. AU - Wang, F. AU - Ji, S. AU - Zhou, Q. AU - Huang, X. AU - Ji, W. AU - Sha, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Generation of gene-modified cynomolgus monkey via Cas9/RNA-mediated gene targeting in one-cell embryos JO - Cell VL - 156 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.01.027 DO - 10.1016/j.cell.2014.01.027 ID - Niu2014 ER - TY - JOUR AU - Incontro, S. AU - Asensio, C. S. AU - Edwards, R. H. AU - Nicoll, R. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Efficient, complete deletion of synaptic proteins using CRISPR JO - Neuron VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/j.neuron.2014.07.043 DO - 10.1016/j.neuron.2014.07.043 ID - Incontro2014 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Wang, Y. AU - Yan, W. AU - Smith, C. AU - Ye, Z. AU - Wang, J. AU - Gao, Y. AU - Mendelsohn, L. AU - Cheng, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Production of gene-corrected adult beta globin protein in human erythrocytes differentiated from patient iPSCs after genome editing of the sickle point mutation JO - Stem Cells VL - 33 UR - https://doi.org/10.1002/stem.1969 DO - 10.1002/stem.1969 ID - Huang2015 ER - TY - JOUR AU - Xie, F. AU - Ye, L. AU - Chang, J. C. AU - Beyer, A. I. AU - Wang, J. AU - Muench, M. O. AU - Kan, Y. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Seamless gene correction of beta-thalassemia mutations in patient-specific iPSCs using CRISPR/Cas9 and piggyBac JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.173427.114 DO - 10.1101/gr.173427.114 ID - Xie2014 ER - TY - JOUR AU - Burt, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Site-specific selfish genes as tools for the control and genetic engineering of natural populations JO - Proc Biol Sci VL - 270 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2319 DO - 10.1098/rspb.2002.2319 ID - Burt2003 ER - TY - STD TI - Esvelt KM, Smidler AL, Catteruccia F, Church GM. Concerning RNA-guided gene drives for the alteration of wild populations. Elife. 2014;3:e03401. ID - ref44 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Shou, J. AU - Guo, Y. AU - Tang, Y. AU - Wu, Y. AU - Jia, Z. AU - Zhai, Y. AU - Chen, Z. AU - Xu, Q. AU - Wu, Q. PY - 2015 DA - 2015// TI - Efficient inversions and duplications of mammalian regulatory DNA elements and gene clusters by CRISPR/Cas9 JO - J Mol Cell Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/jmcb/mjv016 DO - 10.1093/jmcb/mjv016 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. V. AU - Maniatis, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Clustered protocadherins JO - Development VL - 140 UR - https://doi.org/10.1242/dev.090621 DO - 10.1242/dev.090621 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Narendra, V. AU - Rocha, P. P. AU - An, D. AU - Raviram, R. AU - Skok, J. A. AU - Mazzoni, E. O. AU - Reinberg, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Transcription. CTCF establishes discrete functional chromatin domains at the Hox clusters during differentiation JO - Science VL - 347 UR - https://doi.org/10.1126/science.1262088 DO - 10.1126/science.1262088 ID - Narendra2015 ER - TY - JOUR AU - Fanucchi, S. AU - Shibayama, Y. AU - Burd, S. AU - Weinberg, M. S. AU - Mhlanga, M. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Chromosomal contact permits transcription between coregulated genes JO - Cell VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.09.051 DO - 10.1016/j.cell.2013.09.051 ID - Fanucchi2013 ER - TY - JOUR AU - Belmonte, J. C. AU - Callaway, E. M. AU - Churchland, P. AU - Caddick, S. J. AU - Feng, G. AU - Homanics, G. E. AU - Lee, K. F. AU - Leopold, D. A. AU - Miller, C. T. AU - Mitchell, J. F. AU - Mitalipov, S. AU - Moutri, A. R. AU - Movshon, J. A. AU - Okano, H. AU - Reynolds, J. H. AU - Ringach, D. AU - Sejnowski, T. J. AU - Silva, A. C. AU - Strick, P. L. AU - Wu, J. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Brains, genes, and primates JO - Neuron VL - 86 UR - https://doi.org/10.1016/j.neuron.2015.03.021 DO - 10.1016/j.neuron.2015.03.021 ID - Belmonte2015 ER - TY - JOUR AU - Liao, J. AU - Karnik, R. AU - Gu, H. AU - Ziller, M. J. AU - Clement, K. AU - Tsankov, A. M. AU - Akopian, V. AU - Gifford, C. A. AU - Donaghey, J. AU - Galonska, C. AU - Pop, R. AU - Reyon, D. AU - Tsai, S. Q. AU - Mallard, W. AU - Joung, J. K. AU - Rinn, J. L. AU - Gnirke, A. AU - Meissner, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Targeted disruption of DNMT1, DNMT3A and DNMT3B in human embryonic stem cells JO - Nat Genet VL - 47 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3258 DO - 10.1038/ng.3258 ID - Liao2015 ER - TY - JOUR AU - Tsumura, A. AU - Hayakawa, T. AU - Kumaki, Y. AU - Takebayashi, S. AU - Sakaue, M. AU - Matsuoka, C. AU - Shimotohno, K. AU - Ishikawa, F. AU - Li, E. AU - Ueda, H. R. AU - Nakayama, J. AU - Okano, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Maintenance of self-renewal ability of mouse embryonic stem cells in the absence of DNA methyltransferases Dnmt1, Dnmt3a and Dnmt3b JO - Genes Cells VL - 11 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2443.2006.00984.x DO - 10.1111/j.1365-2443.2006.00984.x ID - Tsumura2006 ER - TY - JOUR AU - Seipel, K. AU - Georgiev, O. AU - Schaffner, W. PY - 1992 DA - 1992// TI - Different activation domains stimulate transcription from remote (‘enhancer’) and proximal (‘promoter’) positions JO - EMBO J VL - 11 ID - Seipel1992 ER - TY - JOUR AU - Beerli, R. R. AU - Segal, D. J. AU - Dreier, B. AU - Barbas, C. F. PY - 1998 DA - 1998// TI - Toward controlling gene expression at will: specific regulation of the erbB-2/HER-2 promoter by using polydactyl zinc finger proteins constructed from modular building blocks JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.25.14628 DO - 10.1073/pnas.95.25.14628 ID - Beerli1998 ER - TY - JOUR AU - Gao, X. AU - Tsang, J. C. AU - Gaba, F. AU - Wu, D. AU - Lu, L. AU - Liu, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Comparison of TALE designer transcription factors and the CRISPR/dCas9 in regulation of gene expression by targeting enhancers JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku836 DO - 10.1093/nar/gku836 ID - Gao2014 ER - TY - JOUR AU - Margolin, J. F. AU - Friedman, J. R. AU - Meyer, W. K. AU - Vissing, H. AU - Thiesen, H. J. AU - Thiesen, F. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Kruppel-associated boxes are potent transcriptional repression domains JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 91 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.91.10.4509 DO - 10.1073/pnas.91.10.4509 ID - Margolin1994 ER - TY - JOUR AU - Ayer, D. E. AU - Laherty, C. D. AU - Lawrence, Q. A. AU - Armstrong, A. P. AU - Eisenman, R. N. PY - 1996 DA - 1996// TI - Mad proteins contain a dominant transcription repression domain JO - Mol Cell Biol VL - 16 ID - Ayer1996 ER - TY - JOUR AU - Konermann, S. AU - Brigham, M. D. AU - Trevino, A. E. AU - Hsu, P. D. AU - Heidenreich, M. AU - Cong, L. AU - Platt, R. J. AU - Scott, D. A. AU - Church, G. M. AU - Zhang, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Optical control of mammalian endogenous transcription and epigenetic states JO - Nature VL - 500 ID - Konermann2013 ER - TY - JOUR AU - Kearns, N. A. AU - Pham, H. AU - Tabak, B. AU - Genga, R. M. AU - Silverstein, N. J. AU - Garber, M. AU - Maehr, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Functional annotation of native enhancers with a Cas9-histone demethylase fusion JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3325 DO - 10.1038/nmeth.3325 ID - Kearns2015 ER - TY - JOUR AU - Ma, A. N. AU - Wang, H. AU - Guo, R. AU - Wang, Y. X. AU - Li, W. AU - Cui, J. AU - Wang, G. AU - Hoffman, A. R. AU - Hu, J. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Targeted gene suppression by inducing de novo DNA methylation in the gene promoter JO - Epigenetics Chromatin VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1756-8935-7-20 DO - 10.1186/1756-8935-7-20 ID - Ma2014 ER - TY - JOUR AU - Grimmer, M. R. AU - Stolzenburg, S. AU - Ford, E. AU - Lister, R. AU - Blancafort, P. AU - Farnham, P. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Analysis of an artificial zinc finger epigenetic modulator: widespread binding but limited regulation JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku708 DO - 10.1093/nar/gku708 ID - Grimmer2014 ER - TY - JOUR AU - Snowden, A. W. AU - Gregory, P. D. AU - Case, C. C. AU - Pabo, C. O. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene-specific targeting of H3K9 methylation is sufficient for initiating repression in vivo JO - Curr Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(02)01391-X DO - 10.1016/S0960-9822(02)01391-X ID - Snowden2002 ER - TY - JOUR AU - Falahi, F. AU - Huisman, C. AU - Kazemier, H. G. AU - Viles, P. AU - Kok, K. AU - Hospers, G. A. P. AU - Rots, M. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Towards sustained silencing of HER2/neu in cancer by epigenetic editing JO - Mol Cancer Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-12-0567 DO - 10.1158/1541-7786.MCR-12-0567 ID - Falahi2013 ER - TY - JOUR AU - Li, F. AU - Papworth, M. AU - Minczuk, M. AU - Rohde, C. AU - Zhang, Y. AU - Ragozin, S. AU - Jeltsch, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Chimeric DNA methyltransferases target DNA methylation to specific DNA sequences and repress expression of target genes JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl1035 DO - 10.1093/nar/gkl1035 ID - Li2007 ER - TY - JOUR AU - Meister, G. E. AU - Chandrasegaran, S. AU - Ostermeier, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Heterodimeric DNA methyltransferases as a platform for creating designer zinc finger methyltransferases for targeted DNA methylation in cells JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp1126 DO - 10.1093/nar/gkp1126 ID - Meister2010 ER - TY - JOUR AU - Rivenbark, A. G. AU - Stolzenburg, S. AU - Beltran, A. S. AU - Yuan, X. AU - Rots, M. G. AU - Strahl, B. D. AU - Blancafort, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Epigenetic reprogramming of cancer cells via targeted DNA methylation JO - Epigenetics VL - 7 UR - https://doi.org/10.4161/epi.19507 DO - 10.4161/epi.19507 ID - Rivenbark2012 ER - TY - JOUR AU - Chaikind, B. AU - Kilambi, K. P. AU - Gray, J. J. AU - Ostermeier, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Targeted DNA methylation using an artificially bisected M. HhaI fused to zinc fingers JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0044852 DO - 10.1371/journal.pone.0044852 ID - Chaikind2012 ER - TY - JOUR AU - Siddique, A. N. AU - Nunna, S. AU - Rajavelu, A. AU - Zhang, Y. AU - Jurkowska, R. Z. AU - Reinhardt, R. AU - Rots, M. G. AU - Ragozin, S. AU - Jurkowski, T. P. AU - Jeltsch, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Targeted methylation and gene silencing of VEGF-A in human cells by using a designed Dnmt3a–Dnmt3L single-chain fusion protein with increased DNA methylation activity JO - J Mol Biol VL - 425 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2012.11.038 DO - 10.1016/j.jmb.2012.11.038 ID - Siddique2013 ER - TY - JOUR AU - Nunna, S. AU - Reinhardt, R. AU - Ragozin, S. AU - Jeltsch, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Targeted methylation of the epithelial cell adhesion molecule (EpCAM) promoter to silence its expression in ovarian cancer cells JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0087703 DO - 10.1371/journal.pone.0087703 ID - Nunna2014 ER - TY - JOUR AU - Chaikind, B. AU - Ostermeier, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Directed evolution of improved zinc finger methyltransferases JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0096931 DO - 10.1371/journal.pone.0096931 ID - Chaikind2014 ER - TY - STD TI - Stolzenburg S, Beltran AS, Swift-Scanlan T, Rivenbark AG, Rashwan R, Blancafort P. Stable oncogenic silencing in vivo by programmable and targeted de novo DNA methylation in breast cancer. Oncogene. 2015. doi:10.1038/onc.2014.470. ID - ref70 ER - TY - JOUR AU - Kungulovski, G. AU - Nunna, S. AU - Thomas, M. AU - Zanger, U. M. AU - Reinhardt, R. AU - Jeltsch, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Targeted epigenome editing of an endogenous locus with chromatin modifiers is not stably maintained JO - Epigenetics Chromatin VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13072-015-0002-z DO - 10.1186/s13072-015-0002-z ID - Kungulovski2015 ER - TY - JOUR AU - Gregory, D. J. AU - Zhang, Y. AU - Kobzik, L. AU - Fedulov, A. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Specific transcriptional enhancement of inducible nitric oxide synthase by targeted promoter demethylation JO - Epigenetics VL - 8 UR - https://doi.org/10.4161/epi.26267 DO - 10.4161/epi.26267 ID - Gregory2013 ER - TY - JOUR AU - Maeder, M. L. AU - Linder, S. J. AU - Reyon, D. AU - Angstman, J. F. AU - Fu, Y. AU - Sander, J. D. AU - Joung, J. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Robust, synergistic regulation of human gene expression using TALE activators JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2366 DO - 10.1038/nmeth.2366 ID - Maeder2013 ER - TY - STD TI - Cho H, Kang JG, Lee J, Lee J, Jeon SK, Ko J, Kim D, Park K, Kim Y, Kim N. Direct regulation of E-cadherin by targeted histone methylation of TALE-SET fusion protein in cancer cells. Oncotarget. 2015 [Epub ahead of print]. ID - ref74 ER - TY - JOUR AU - Mendenhall, E. M. AU - Williamson, K. E. AU - Reyon, D. AU - Zou, J. Y. AU - Ram, O. AU - Joung, J. K. AU - Bernstein, B. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Locus-specific editing of histone modifications at endogenous enhancers JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2701 DO - 10.1038/nbt.2701 ID - Mendenhall2013 ER - TY - JOUR AU - Bernstein, D. L. AU - Lay, J. E. AU - Ruano, E. G. AU - Kaestner, K. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - TALE-mediated epigenetic suppression of CDKN2A increases replication in human fibroblasts JO - J Clin Invest VL - 125 UR - https://doi.org/10.1172/JCI77321 DO - 10.1172/JCI77321 ID - Bernstein2015 ER - TY - JOUR AU - Maeder, M. L. AU - Angstman, J. F. AU - Richardson, M. E. AU - Linder, S. J. AU - Cascio, V. M. AU - Tsai, S. Q. AU - Ho, Q. H. AU - Sander, J. D. AU - Reyon, D. AU - Bernstein, B. E. AU - Costello, J. F. AU - Wilkinson, M. F. AU - Joung, J. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Targeted DNA demethylation and activation of endogenous genes using programmable TALE-TET1 fusion proteins JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2726 DO - 10.1038/nbt.2726 ID - Maeder2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, H. AU - Kazemier, H. G. AU - Groote, M. L. AU - Ruiters, M. H. AU - Xu, G. L. AU - Rots, M. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Induced DNA demethylation by targeting Ten-Eleven Translocation 2 to the human ICAM-1 promoter JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1019 DO - 10.1093/nar/gkt1019 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Maeder, M. L. AU - Linder, S. J. AU - Cascio, V. M. AU - Fu, Y. AU - Ho, Q. H. AU - Joung, J. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - CRISPR RNA-guided activation of endogenous human genes JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2598 DO - 10.1038/nmeth.2598 ID - Maeder2013 ER - TY - JOUR AU - Cheng, A. W. AU - Wang, H. AU - Yang, H. AU - Shi, L. AU - Katz, Y. AU - Theunissen, T. W. AU - Rangarajan, S. AU - Shivalila, C. S. AU - Dadon, D. B. AU - Jaenisch, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Multiplexed activation of endogenous genes by CRISPR-on, an RNA-guided transcriptional activator system JO - Cell Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2013.122 DO - 10.1038/cr.2013.122 ID - Cheng2013 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, L. A. AU - Larson, M. H. AU - Morsut, L. AU - Liu, Z. AU - Brar, G. A. AU - Torres, S. E. AU - Stern-Ginossar, N. AU - Brandman, O. AU - Whitehead, E. H. AU - Doudna, J. A. AU - Lim, W. A. AU - Weissman, J. S. AU - Qi, L. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - CRISPR-mediated modular RNA-guided regulation of transcription in eukaryotes JO - Cell VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.06.044 DO - 10.1016/j.cell.2013.06.044 ID - Gilbert2013 ER - TY - JOUR AU - Qi, L. S. AU - Larson, M. H. AU - Gilbert, L. A. AU - Doudna, J. A. AU - Weissman, J. S. AU - Arkin, A. P. AU - Lim, W. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression JO - Cell VL - 152 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.02.022 DO - 10.1016/j.cell.2013.02.022 ID - Qi2013 ER - TY - JOUR AU - Mali, P. AU - Aach, J. AU - Stranges, P. B. AU - Esvelt, K. M. AU - Moosburner, M. AU - Kosuri, S. AU - Yang, L. AU - Church, G. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - CAS9 transcriptional activators for target specificity screening and paired nickases for cooperative genome engineering JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2675 DO - 10.1038/nbt.2675 ID - Mali2013 ER - TY - JOUR AU - Konermann, S. AU - Brigham, M. D. AU - Trevino, A. E. AU - Joung, J. AU - Abudayyeh, O. O. AU - Barcena, C. AU - Hsu, P. D. AU - Habib, N. AU - Gootenberg, J. S. AU - Nishimasu, H. AU - Nureki, O. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR–Cas9 complex JO - Nature VL - 517 UR - https://doi.org/10.1038/nature14136 DO - 10.1038/nature14136 ID - Konermann2015 ER - TY - JOUR AU - Kearns, N. A. AU - Genga, R. M. AU - Enuameh, M. S. AU - Garber, M. AU - Wolfe, S. A. AU - Maehr, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cas9 effector-mediated regulation of transcription and differentiation in human pluripotent stem cells JO - Development VL - 141 UR - https://doi.org/10.1242/dev.103341 DO - 10.1242/dev.103341 ID - Kearns2014 ER - TY - JOUR AU - Sander, J. D. AU - Joung, J. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - CRISPR–Cas systems for editing, regulating and targeting genomes JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2842 DO - 10.1038/nbt.2842 ID - Sander2014 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, L. A. AU - Horlbeck, M. A. AU - Adamson, B. AU - Villalta, J. E. AU - Chen, Y. AU - Whitehead, E. H. AU - Guimaraes, C. AU - Panning, B. AU - Ploegh, H. L. AU - Bassik, M. C. AU - Qi, L. S. AU - Kampmann, M. AU - Weissman, J. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-scale CRISPR-mediated control of gene repression and activation JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.029 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.029 ID - Gilbert2014 ER - TY - JOUR AU - Zalatan, J. G. AU - Lee, M. E. AU - Almeida, R. AU - Gilbert, L. A. AU - Whitehead, E. H. AU - Russa, M. AU - Tsai, J. C. AU - Weissman, J. S. AU - Dueber, J. E. AU - Qi, L. S. AU - Lim, W. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Engineering complex synthetic transcriptional programs with CRISPR RNA scaffolds JO - Cell VL - 160 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.052 DO - 10.1016/j.cell.2014.11.052 ID - Zalatan2015 ER - TY - JOUR AU - Telese, F. AU - Ma, Q. AU - Perez, P. AU - Notani, D. AU - Oh, S. AU - Li, W. AU - Comoletti, D. AU - Ohgi, K. AU - Taylor, H. AU - Rosenfeld, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - LRP8-Reelin-regulated neuronal enhancer signature underlying learning and memory formation JO - Neuron VL - 86 UR - https://doi.org/10.1016/j.neuron.2015.03.033 DO - 10.1016/j.neuron.2015.03.033 ID - Telese2015 ER - TY - JOUR AU - Chakraborty, S. AU - Ji, H. AU - Kabadi, A. M. AU - Gersbach, C. A. AU - Christoforou, N. AU - Leong, K. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - A CRISPR/Cas9-based system for reprogramming cell lineage specification JO - Stem Cell Rep VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.stemcr.2014.09.013 DO - 10.1016/j.stemcr.2014.09.013 ID - Chakraborty2014 ER - TY - JOUR AU - Hilton, I. B. AU - D'Ippolito, A. M. AU - Vockley, C. M. AU - Thakore, P. I. AU - Crawford, G. E. AU - Reddy, T. E. AU - Gersbach, C. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers JO - Nat Biotech VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3199 DO - 10.1038/nbt.3199 ID - Hilton2015 ER - TY - JOUR AU - Carroll, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Staying on target with CRISPR–Cas JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2684 DO - 10.1038/nbt.2684 ID - Carroll2013 ER - TY - JOUR AU - Hendel, A. AU - Fine, E. J. AU - Bao, G. AU - Porteus, M. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Quantifying on- and off-target genome editing JO - Trends Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2014.12.001 DO - 10.1016/j.tibtech.2014.12.001 ID - Hendel2015 ER - TY - JOUR AU - Wei, C. AU - Liu, J. AU - Yu, Z. AU - Zhang, B. AU - Gao, G. AU - Jiao, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - TALEN or Cas9—rapid, efficient and specific choices for genome modifications JO - J Genet Genom VL - 40 UR - https://doi.org/10.1016/j.jgg.2013.03.013 DO - 10.1016/j.jgg.2013.03.013 ID - Wei2013 ER - TY - JOUR AU - Hu, J. AU - Lei, Y. AU - Wong, W. K. AU - Liu, S. AU - Lee, K. C. AU - He, X. AU - You, W. AU - Zhou, R. AU - Guo, J. T. AU - Chen, X. AU - Peng, X. AU - Sun, H. AU - Huang, H. AU - Zhao, H. AU - Feng, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Direct activation of human and mouse Oct4 genes using engineered TALE and Cas9 transcription factors JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku109 DO - 10.1093/nar/gku109 ID - Hu2014 ER - TY - JOUR AU - Tanenbaum, M. E. AU - Gilbert, L. A. AU - Qi, L. S. AU - Weissman, J. S. AU - Vale, R. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - A protein-tagging system for signal amplification in gene expression and fluorescence imaging JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.039 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.039 ID - Tanenbaum2014 ER - TY - JOUR AU - Chavez, A. AU - Scheiman, J. AU - Vora, S. AU - Pruitt, B. W. AU - Tuttle, M. AU - P R Iyer, E. AU - Lin, S. AU - Kiani, S. AU - Guzman, C. D. AU - Wiegand, D. J. AU - Ter-Ovanesyan, D. AU - Braff, J. L. AU - Davidsohn, N. AU - Housden, B. E. AU - Perrimon, N. AU - Weiss, R. AU - Aach, J. AU - Collins, J. J. AU - Church, G. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Highly efficient Cas9-mediated transcriptional programming JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3312 DO - 10.1038/nmeth.3312 ID - Chavez2015 ER - TY - JOUR AU - Shechner, D. M. AU - Hacisuleyman, E. AU - Younger, S. T. AU - Rinn, J. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Multiplexable, locus-specific targeting of long RNAs with CRISPR-Display JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3433 DO - 10.1038/nmeth.3433 ID - Shechner2015 ER - TY - JOUR AU - Liu, H. AU - Yu, X. AU - Li, K. AU - Klejnot, J. AU - Yang, H. AU - Lisiero, D. AU - Lin, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Photoexcited CRY2 interacts with CIB1 to regulate transcription and floral initiation in Arabidopsis JO - Science VL - 322 UR - https://doi.org/10.1126/science.1163927 DO - 10.1126/science.1163927 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Boyden, E. S. AU - Zhang, F. AU - Bamberg, E. AU - Nagel, G. AU - Deisseroth, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity JO - Nat Neurosci VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nn1525 DO - 10.1038/nn1525 ID - Boyden2005 ER - TY - JOUR AU - Adamantidis, A. R. AU - Tsai, H. C. AU - Boutrel, B. AU - Zhang, F. AU - Stuber, G. D. AU - Budygin, E. A. AU - Tourino, C. AU - Bonci, A. AU - Deisseroth, K. AU - Lecea, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Optogenetic interrogation of dopaminergic modulation of the multiple phases of reward-seeking behavior JO - J Neurosci VL - 31 UR - https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.2246-11.2011 DO - 10.1523/JNEUROSCI.2246-11.2011 ID - Adamantidis2011 ER - TY - JOUR AU - Nihongaki, Y. AU - Yamamoto, S. AU - Kawano, F. AU - Suzuki, H. AU - Sato, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - CRISPR–Cas9-based photoactivatable transcription system JO - Chem Biol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2014.12.011 DO - 10.1016/j.chembiol.2014.12.011 ID - Nihongaki2015 ER - TY - JOUR AU - Polstein, L. R. AU - Gersbach, C. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - A light-inducible CRISPR–Cas9 system for control of endogenous gene activation JO - Nat Chem Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nchembio.1753 DO - 10.1038/nchembio.1753 ID - Polstein2015 ER - TY - JOUR AU - Mercer, A. C. AU - Gaj, T. AU - Sirk, S. J. AU - Lamb, B. M. AU - Barbas, C. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Regulation of endogenous human gene expression by ligand-inducible TALE transcription factors JO - ACS Synth Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1021/sb400114p DO - 10.1021/sb400114p ID - Mercer2014 ER - TY - JOUR AU - Chen, B. AU - Gilbert, L. A. AU - Cimini, B. A. AU - Schnitzbauer, J. AU - Zhang, W. AU - Li, G. W. AU - Park, J. AU - Blackburn, E. H. AU - Weissman, J. S. AU - Qi, L. S. AU - Huang, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dynamic imaging of genomic loci in living human cells by an optimized CRISPR/Cas system JO - Cell VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.12.001 DO - 10.1016/j.cell.2013.12.001 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Anton, T. AU - Bultmann, S. AU - Leonhardt, H. AU - Markaki, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Visualization of specific DNA sequences in living mouse embryonic stem cells with a programmable fluorescent CRISPR/Cas system JO - Nucleus VL - 5 UR - https://doi.org/10.4161/nucl.28488 DO - 10.4161/nucl.28488 ID - Anton2014 ER - TY - JOUR AU - Pederson, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Repeated TALEs: visualizing DNA sequence localization and chromosome dynamics in live cells JO - Nucleus VL - 5 UR - https://doi.org/10.4161/nucl.28143 DO - 10.4161/nucl.28143 ID - Pederson2014 ER - TY - JOUR AU - Ma, H. AU - Naseri, A. AU - Reyes-Gutierrez, P. AU - Wolfe, S. A. AU - Zhang, S. AU - Pederson, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Multicolor CRISPR labeling of chromosomal loci in human cells JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1420024112 DO - 10.1073/pnas.1420024112 ID - Ma2015 ER - TY - JOUR AU - Byrum, S. D. AU - Raman, A. AU - Taverna, S. D. AU - Tackett, A. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChAP-MS: a method for identification of proteins and histone posttranslational modifications at a single genomic locus JO - Cell Rep VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2012.06.019 DO - 10.1016/j.celrep.2012.06.019 ID - Byrum2012 ER - TY - JOUR AU - Fujita, T. AU - Asano, Y. AU - Ohtsuka, J. AU - Takada, Y. AU - Saito, K. AU - Ohki, R. AU - Fujii, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Identification of telomere-associated molecules by engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) JO - Sci Rep VL - 3 ID - Fujita2013 ER - TY - JOUR AU - Fujita, T. AU - Fujii, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Efficient isolation of specific genomic regions and identification of associated proteins by engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) using CRISPR JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 439 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.08.013 DO - 10.1016/j.bbrc.2013.08.013 ID - Fujita2013 ER - TY - JOUR AU - Waldrip, Z. J. AU - Byrum, S. D. AU - Storey, A. J. AU - Gao, J. AU - Byrd, A. K. AU - Mackintosh, S. G. AU - Wahls, W. P. AU - Taverna, S. D. AU - Raney, K. D. AU - Tackett, A. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - A CRISPR-based approach for proteomic analysis of a single genomic locus JO - Epigenetics VL - 9 UR - https://doi.org/10.4161/epi.29919 DO - 10.4161/epi.29919 ID - Waldrip2014 ER - TY - JOUR AU - Byrum, S. D. AU - Taverna, S. D. AU - Tackett, A. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Purification of a specific native genomic locus for proteomic analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt822 DO - 10.1093/nar/gkt822 ID - Byrum2013 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - He, Z. AU - Wei, X. AU - Gao, G. AU - Wei, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Challenges in CRISPR/CAS9 delivery: potential roles of non-viral vectors JO - Hum Gene Ther VL - 26 UR - https://doi.org/10.1089/hum.2015.069 DO - 10.1089/hum.2015.069 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Gori, J. L. AU - Hsu, P. D. AU - Maeder, M. L. AU - Shen, S. AU - Welstead, G. G. AU - Bumcrot, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Delivery and specificity of CRISPR–Cas9 genome editing technologies for human gene therapy JO - Hum Gene Ther VL - 26 UR - https://doi.org/10.1089/hum.2015.074 DO - 10.1089/hum.2015.074 ID - Gori2015 ER - TY - STD TI - Liu DR. Delivery of negatively charged proteins using cationic lipids. 2015 (20150118216). ID - ref116 ER - TY - JOUR AU - Wang, D. AU - Mou, H. AU - Li, S. AU - Li, Y. AU - Hough, S. AU - Tran, K. AU - Li, J. AU - Yin, H. AU - Anderson, D. G. AU - Sontheimer, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Adenovirus-mediated somatic genome editing of Pten by CRISPR/Cas9 in mouse liver in spite of Cas9-specific immune responses JO - Hum Gene Ther VL - 26 UR - https://doi.org/10.1089/hum.2015.087 DO - 10.1089/hum.2015.087 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Cox, D. B. AU - Platt, R. J. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Therapeutic genome editing: prospects and challenges JO - Nat Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3793 DO - 10.1038/nm.3793 ID - Cox2015 ER - TY - JOUR AU - Gaj, T. AU - Guo, J. AU - Kato, Y. AU - Sirk, S. J. AU - Barbas, C. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Targeted gene knockout by direct delivery of zinc-finger nuclease proteins JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2030 DO - 10.1038/nmeth.2030 ID - Gaj2012 ER - TY - JOUR AU - Gaj, T. AU - Liu, J. AU - Anderson, K. E. AU - Sirk, S. J. AU - Barbas, C. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Protein delivery using Cys2-His2 zinc-finger domains JO - ACS Chem Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1021/cb500282g DO - 10.1021/cb500282g ID - Gaj2014 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Gaj, T. AU - Wallen, M. C. AU - Barbas, C. F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Improved cell-penetrating zinc-finger nuclease proteins for precision genome engineering JO - Mol Ther Nucleic Acids VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/mtna.2015.6 DO - 10.1038/mtna.2015.6 ID - Liu2015 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Gaj, T. AU - Patterson, J. T. AU - Sirk, S. J. AU - Barbas, C. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cell-penetrating peptide-mediated delivery of TALEN proteins via bioconjugation for genome engineering JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0085755 DO - 10.1371/journal.pone.0085755 ID - Liu2014 ER - TY - JOUR AU - Zuris, J. A. AU - Thompson, D. B. AU - Shu, Y. AU - Guilinger, J. P. AU - Bessen, J. L. AU - Hu, J. H. AU - Maeder, M. L. AU - Joung, J. K. AU - Chen, Z. Y. AU - Liu, D. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cationic lipid-mediated delivery of proteins enables efficient protein-based genome editing in vitro and in vivo JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3081 DO - 10.1038/nbt.3081 ID - Zuris2015 ER - TY - JOUR AU - Schumann, K. AU - Lin, S. AU - Boyer, E. AU - Simeonov, D. R. AU - Subramaniam, M. AU - Gate, R. E. AU - Haliburton, G. E. AU - Ye, C. J. AU - Bluestone, J. A. AU - Doudna, J. A. AU - Marson, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Generation of knock-in primary human T cells using Cas9 ribonucleoproteins JO - Proc Natl Acad Sci VL - 12 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1512503112 DO - 10.1073/pnas.1512503112 ID - Schumann2015 ER - TY - JOUR AU - Heller, E. A. AU - Cates, H. M. AU - Pena, C. J. AU - Sun, H. AU - Shao, N. AU - Feng, J. AU - Golden, S. A. AU - Herman, J. P. AU - Walsh, J. J. AU - Mazei-Robison, M. AU - Ferguson, D. AU - Knight, S. AU - Gerber, M. A. AU - Nievera, C. AU - Han, M. H. AU - Russo, S. J. AU - Tamminga, C. S. AU - Neve, R. L. AU - Shen, L. AU - Zhang, H. S. AU - Zhang, F. AU - Nestler, E. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Locus-specific epigenetic remodeling controls addiction- and depression-related behaviors JO - Nat Neurosci VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nn.3871 DO - 10.1038/nn.3871 ID - Heller2014 ER -