TY - JOUR AU - Johnson, D. S. AU - Mortazavi, A. AU - Myers, R. M. AU - Wold, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1141319 DO - 10.1126/science.1141319 ID - Johnson2007 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kheradpour, P. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Shoresh, N. AU - Ward, L. D. AU - Epstein, C. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types JO - Nature VL - 473 UR - https://doi.org/10.1038/nature09906 DO - 10.1038/nature09906 ID - Ernst2011 ER - TY - JOUR AU - Parker, S. C. J. AU - Stitzel, M. L. AU - Taylor, D. L. AU - Orozco, J. M. AU - Erdos, M. R. AU - Akiyama, J. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Chromatin stretch enhancer states drive cell-specific gene regulation and harbor human disease risk variants JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1317023110 DO - 10.1073/pnas.1317023110 ID - Parker2013 ER - TY - JOUR AU - Loven, J. AU - Hoke, H. A. AU - Lin, C. Y. AU - Lau, A. AU - Orlando, D. A. AU - Vakoc, C. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Selective inhibition of tumor oncogenes by disruption of super-enhancers JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.03.036 DO - 10.1016/j.cell.2013.03.036 ID - Loven2013 ER - TY - JOUR AU - Whyte, W. A. AU - Orlando, D. A. AU - Hnisz, D. AU - Abraham, B. J. AU - Lin, C. Y. AU - Kagey, M. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Master transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.03.035 DO - 10.1016/j.cell.2013.03.035 ID - Whyte2013 ER - TY - JOUR AU - Hnisz, D. AU - Abraham, B. J. AU - Lee, T. I. AU - Lau, A. AU - Saint-Andre, V. AU - Sigova, A. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Super-enhancers in the control of cell identity and disease JO - Cell VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.09.053 DO - 10.1016/j.cell.2013.09.053 ID - Hnisz2013 ER - TY - JOUR AU - Yanez-Cuna, J. O. AU - Arnold, C. D. AU - Stampfel, G. AU - Boryn, L. M. AU - Gerlach, D. AU - Rath, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Dissection of thousands of cell type-specific enhancers identities dinucleotide repeat motifs as general enhancer features JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.169243.113 DO - 10.1101/gr.169243.113 ID - Yanez-Cuna2014 ER - TY - JOUR AU - Boyle, A. P. AU - Davis, S. AU - Shulha, H. P. AU - Meltzer, P. AU - Margulies, E. H. AU - Weng, Z. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.12.014 DO - 10.1016/j.cell.2007.12.014 ID - Boyle2008 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Corradin, O. AU - Saiakhova, A. AU - Akhtar-Zaidi, B. AU - Myero, L. AU - Willis, J. AU - Cowper-Sallari, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Combinatorial effects of multiple enhancer variants in linkage disequilibrium dictate levels of gene expression to confer susceptibility to common traits JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.164079.113 DO - 10.1101/gr.164079.113 ID - Corradin2014 ER - TY - JOUR AU - Ziller, M. J. AU - Edri, R. AU - Yae, Y. AU - Donaghey, J. AU - Pop, R. AU - Mallard, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dissecting neural differentiation regulatory networks through epigenetic footprinting JO - Nature VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature13990 DO - 10.1038/nature13990 ID - Ziller2015 ER - TY - JOUR AU - Cooper, G. M. AU - Stone, E. A. AU - Asimenos, G. AU - Green, E. D. AU - Batzoglou, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Distribution and intensity of constraint in mammalian genomic sequence JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3577405 DO - 10.1101/gr.3577405 ID - Cooper2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Zhuang, J. AU - Iyer, S. AU - Lin, X. AU - Whitfield, T. W. AU - Greven, M. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Sequence features and chromatin structure around the genomic regions bound by 119 human transcription factors JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.139105.112 DO - 10.1101/gr.139105.112 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Lelli, K. M. AU - Slattery, M. AU - Mann, R. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Disentangling the many layers of eukaryotic transcriptional regulation JO - Annu Rev Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genet-110711-155437 DO - 10.1146/annurev-genet-110711-155437 ID - Lelli2012 ER - TY - JOUR AU - Carey, M. AU - Lin, Y. S. AU - Green, M. R. AU - Ptashne, M. PY - 1990 DA - 1990// TI - A mechanism for synergistic activation of a mammalian gene by GAL4 derivatives JO - Nature VL - 345 UR - https://doi.org/10.1038/345361a0 DO - 10.1038/345361a0 ID - Carey1990 ER - TY - JOUR AU - Rhodes, J. AU - Hagen, A. AU - Hsu, K. AU - Deng, M. AU - Liu, T. X. AU - Look, A. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Interplay of PU.1 and GATA1 determines myelo-erythroid progenitor cell fate in zebrafish JO - Dev Cell VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2004.11.014 DO - 10.1016/j.devcel.2004.11.014 ID - Rhodes2005 ER - TY - JOUR AU - Song, L. AU - Zhang, Z. AU - Grasfeder, L. L. AU - Boyle, A. P. AU - Giresi, P. G. AU - Lee, B. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.121541.111 DO - 10.1101/gr.121541.111 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Thurman, R. E. AU - Rynes, E. AU - Humbert, R. AU - Vierstra, J. AU - Maurano, M. T. AU - Haugen, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - The accessible chromatin landscape of the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11232 DO - 10.1038/nature11232 ID - Thurman2012 ER - TY - JOUR AU - Quang, D. AU - Xie, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - EXTREME: an online EM algorithm for motif discovery JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu093 DO - 10.1093/bioinformatics/btu093 ID - Quang2014 ER - TY - JOUR AU - Jolma, A. AU - Yan, J. AU - Whitington, T. AU - Toivonen, J. AU - Nitta, K. R. AU - Rastas, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA-binding specificities of human transcription factors JO - Cell VL - 152 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.12.009 DO - 10.1016/j.cell.2012.12.009 ID - Jolma2013 ER - TY - JOUR AU - Zhou, T. AU - Shen, N. AU - Yang, L. AU - Abe, N. AU - Horton, J. AU - Mann, R. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Quantitative modeling of transcription factor binding specificities using DNA shape JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1422023112 DO - 10.1073/pnas.1422023112 ID - Zhou2015 ER - TY - JOUR AU - Farh, K. K. H. AU - Marson, A. AU - Zhu, J. AU - Kleinewietfeld, M. AU - Housley, W. J. AU - Beik, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genetic and epigenetic fine mapping of causal autoimmune disease variants JO - Nature VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature13835 DO - 10.1038/nature13835 ID - Farh2015 ER - TY - JOUR AU - Boyle, A. P. AU - Song, L. AU - Lee, B. K. AU - London, D. AU - Keefe, D. AU - Birney, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - High-resolution genome-wide in vivo footprinting of diverse transcription factors in human cells JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.112656.110 DO - 10.1101/gr.112656.110 ID - Boyle2011 ER - TY - JOUR AU - Neph, S. AU - Vierstra, J. AU - Stergachis, A. B. AU - Reynolds, A. P. AU - Haugen, E. AU - Vernot, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11212 DO - 10.1038/nature11212 ID - Neph2012 ER - TY - JOUR AU - Hesselberth, J. R. AU - Chen, X. AU - Zhang, Z. AU - Sabo, P. J. AU - Sandstrom, R. AU - Reynolds, A. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Global mapping of protein-DNA interactions in vivo by digital genomic footprinting JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1313 DO - 10.1038/nmeth.1313 ID - Hesselberth2009 ER - TY - JOUR AU - Guo, Y. AU - Mahony, S. AU - Gifford, D. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - High resolution genome wide binding event finding and motif discovery reveals transcription factor spatial binding constraints JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002638 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002638 ID - Guo2012 ER - TY - JOUR AU - Siersbaek, R. AU - Baek, S. AU - Rabiee, A. AU - Nielsen, R. AU - Traynor, S. AU - Clark, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Molecular architecture of transcription factor hotspots in early adipogenesis JO - Cell Rep. VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.04.043 DO - 10.1016/j.celrep.2014.04.043 ID - Siersbaek2014 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Maurano, M. T. AU - Humbert, R. AU - Rynes, E. AU - Thurman, R. E. AU - Haugen, E. AU - Wang, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Systematic localization of common disease-associated variation in regulatory DNA JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1222794 DO - 10.1126/science.1222794 ID - Maurano2012 ER - TY - JOUR AU - Kundaje, A. AU - Meuleman, W. AU - Ernst, J. AU - Bilenky, M. AU - Yen, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Integrative analysis of 111 reference human epigenomes JO - Nature VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature14248 DO - 10.1038/nature14248 ID - Kundaje2015 ER - TY - JOUR AU - Mansour, M. R. AU - Abraham, B. J. AU - Anders, L. AU - Berezovskaya, A. AU - Gutierrez, A. AU - Durbin, A. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Oncogene regulation. An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element JO - Science VL - 346 UR - https://doi.org/10.1126/science.1259037 DO - 10.1126/science.1259037 ID - Mansour2014 ER - TY - JOUR AU - Vanhille, L. AU - Griffon, A. AU - Maqbool, M. A. AU - Zacarias-Cabeza, J. AU - Dao, L. T. M. AU - Fernandez, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - High-throughput and quantitative assessment of enhancer activity in mammals by CapStarr-seq JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms7905 DO - 10.1038/ncomms7905 ID - Vanhille2015 ER - TY - JOUR AU - Hah, N. AU - Benner, C. AU - Chong, L. W. AU - Yu, R. T. AU - Downes, M. AU - Evans, R. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Inflammation-sensitive super enhancers form domains of coordinately regulated enhancer RNAs JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1424028112 DO - 10.1073/pnas.1424028112 ID - Hah2015 ER - TY - JOUR AU - Grant, C. E. AU - Bailey, T. L. AU - Noble, W. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - FIMO: scanning for occurrences of a given motif JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr064 DO - 10.1093/bioinformatics/btr064 ID - Grant2011 ER - TY - STD TI - Bailey TL, Boden M, Buske FA, Frith M, Grant CE, Clementi L et al. MEME SUITE: tools for motif discovery and searching. Nucleic Acids Res. 2009;37(Web Server issue):W202-8. ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Machanick, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Inferring direct DNA binding from ChIP-seq JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks433 DO - 10.1093/nar/gks433 ID - Bailey2012 ER - TY - JOUR AU - Mathelier, A. AU - Zhao, X. AU - Zhang, A. W. AU - Parcy, F. AU - Worsley-Hunt, R. AU - Arenillas, D. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - JASPAR 2014: an extensively expanded and updated open-access database of transcription factor binding profiles JO - Nucleic Acids Res. VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt997 DO - 10.1093/nar/gkt997 ID - Mathelier2014 ER - TY - JOUR AU - Bodenhofer, U. AU - Kothmeier, A. AU - Hochreiter, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - APCluster: an R package for affinity propagation clustering JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr406 DO - 10.1093/bioinformatics/btr406 ID - Bodenhofer2011 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. AU - Benner, C. AU - Spann, N. AU - Bertolino, E. AU - Lin, Y. C. AU - Laslo, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities JO - Mol Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.05.004 DO - 10.1016/j.molcel.2010.05.004 ID - Heinz2010 ER - TY - JOUR AU - Pohl, A. AU - Beato, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - bwtool: a tool for bigWiggles JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu056 DO - 10.1093/bioinformatics/btu056 ID - Pohl2014 ER - TY - JOUR AU - Piper, J. AU - Elze, M. C. AU - Cauchy, P. AU - Cockerill, P. N. AU - Bonifer, C. AU - Ott, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Wellington: a novel method for the accurate identification of digital genomic footprints from DNase-seq data JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt850 DO - 10.1093/nar/gkt850 ID - Piper2013 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Gupta, S. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Bailey, T. L. AU - Noble, W. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantifying similarity between motifs JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-2-r24 DO - 10.1186/gb-2007-8-2-r24 ID - Gupta2007 ER -