TY - JOUR AU - Bird, A. P. AU - Taggart, M. H. AU - Smith, B. A. PY - 1979 DA - 1979// TI - Methylated and unmethylated DNA compartments in the sea urchin genome JO - Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(79)90329-5 DO - 10.1016/0092-8674(79)90329-5 ID - Bird1979 ER - TY - JOUR AU - Jeltsch, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Molecular biology. Phylogeny of methylomes JO - Science VL - 328 UR - https://doi.org/10.1126/science.1190738 DO - 10.1126/science.1190738 ID - Jeltsch2010 ER - TY - JOUR AU - Lister, R. AU - O’Malley, R. C. AU - Tonti-Filippini, J. AU - Gregory, B. D. AU - Berry, C. C. AU - Millar, A. H. AU - Ecker, J. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis JO - Cell VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.03.029 DO - 10.1016/j.cell.2008.03.029 ID - Lister2008 ER - TY - JOUR AU - Lister, R. AU - Pelizzola, M. AU - Dowen, R. H. AU - Hawkins, R. D. AU - Hon, G. AU - Tonti-Filippini, J. AU - Nery, J. R. AU - Lee, L. AU - Ye, Z. AU - Ngo, Q. M. AU - Edsall, L. AU - Antosiewicz-Bourget, J. AU - Stewart, R. AU - Ruotti, V. AU - Millar, A. H. AU - Thomson, J. A. AU - Ren, B. AU - Ecker, J. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08514 DO - 10.1038/nature08514 ID - Lister2009 ER - TY - JOUR AU - Mann, I. K. AU - Chatterjee, R. AU - Zhao, J. AU - He, X. AU - Weirauch, M. T. AU - Hughes, T. R. AU - Vinson, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - CG methylated microarrays identify a novel methylated sequence bound by the CEBPB|ATF4 heterodimer that are active in vivo JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.146654.112 DO - 10.1101/gr.146654.112 ID - Mann2013 ER - TY - JOUR AU - Saxonov, S. AU - Berg, P. AU - Brutlag, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0510310103 DO - 10.1073/pnas.0510310103 ID - Saxonov2006 ER - TY - JOUR AU - Molaro, A. AU - Hodges, E. AU - Fang, F. AU - Song, Q. AU - McCombie, W. R. AU - Hannon, G. J. AU - Smith, A. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Sperm methylation profiles reveal features of epigenetic inheritance and evolution in primates JO - Cell VL - 146 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.08.016 DO - 10.1016/j.cell.2011.08.016 ID - Molaro2011 ER - TY - JOUR AU - Stadler, M. B. AU - Murr, R. AU - Burger, L. AU - Ivanek, R. AU - Lienert, F. AU - Scholer, A. AU - van Nimwegen, E. AU - Wirbelauer, C. AU - Oakeley, E. J. AU - Gaidatzis, D. AU - Tiwari, V. K. AU - Schubeler, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - DNA-binding factors shape the mouse methylome at distal regulatory regions JO - Nature VL - 480 ID - Stadler2011 ER - TY - JOUR AU - Rakyan, V. K. AU - Down, T. A. AU - Thorne, N. P. AU - Flicek, P. AU - Kulesha, E. AU - Graf, S. AU - Tomazou, E. M. AU - Backdahl, L. AU - Johnson, N. AU - Herberth, M. AU - Howe, K. L. AU - Jackson, D. K. AU - Miretti, M. M. AU - Fiegler, H. AU - Marioni, J. C. AU - Birney, E. AU - Hubbard, T. J. AU - Carter, N. P. AU - Tavare, S. AU - Beck, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - An integrated resource for genome-wide identification and analysis of human tissue-specific differentially methylated regions (tDMRs) JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.077479.108 DO - 10.1101/gr.077479.108 ID - Rakyan2008 ER - TY - JOUR AU - Yagi, S. AU - Hirabayashi, K. AU - Sato, S. AU - Li, W. AU - Takahashi, Y. AU - Hirakawa, T. AU - Wu, G. AU - Hattori, N. AU - Ohgane, J. AU - Tanaka, S. AU - Liu, X. S. AU - Shiota, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - DNA methylation profile of tissue-dependent and differentially methylated regions (T-DMRs) in mouse promoter regions demonstrating tissue-specific gene expression JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074070.107 DO - 10.1101/gr.074070.107 ID - Yagi2008 ER - TY - JOUR AU - Laurent, L. AU - Wong, E. AU - Li, G. AU - Huynh, T. AU - Tsirigos, A. AU - Ong, C. T. AU - Low, H. M. AU - Kin Sung, K. W. AU - Rigoutsos, I. AU - Loring, J. AU - Wei, C. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Dynamic changes in the human methylome during differentiation JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.101907.109 DO - 10.1101/gr.101907.109 ID - Laurent2010 ER - TY - JOUR AU - Krivega, I. AU - Dean, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Enhancer and promoter interactions-long distance calls JO - Curr Opin Genet Dev VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2011.11.001 DO - 10.1016/j.gde.2011.11.001 ID - Krivega2011 ER - TY - JOUR AU - Meissner, A. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Gu, H. AU - Wernig, M. AU - Hanna, J. AU - Sivachenko, A. AU - Zhang, X. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Jaffe, D. B. AU - Gnirke, A. AU - Jaenisch, R. AU - Lander, E. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells JO - Nature VL - 454 ID - Meissner2008 ER - TY - JOUR AU - Ziller, M. J. AU - Gu, H. AU - Muller, F. AU - Donaghey, J. AU - Tsai, L. T. AU - Kohlbacher, O. AU - De Jager, P. L. AU - Rosen, E. D. AU - Bennett, D. A. AU - Bernstein, B. E. AU - Gnirke, A. AU - Meissner, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Charting a dynamic DNA methylation landscape of the human genome JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12433 DO - 10.1038/nature12433 ID - Ziller2013 ER - TY - JOUR AU - Schmidl, C. AU - Klug, M. AU - Boeld, T. J. AU - Andreesen, R. AU - Hoffmann, P. AU - Edinger, M. AU - Rehli, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Lineage-specific DNA methylation in T cells correlates with histone methylation and enhancer activity JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.091470.109 DO - 10.1101/gr.091470.109 ID - Schmidl2009 ER - TY - JOUR AU - Aran, D. AU - Sabato, S. AU - Hellman, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA methylation of distal regulatory sites characterizes dysregulation of cancer genes JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-3-r21 DO - 10.1186/gb-2013-14-3-r21 ID - Aran2013 ER - TY - JOUR AU - Taberlay, P. C. AU - Kelly, T. K. AU - Liu, C. C. AU - You, J. S. AU - De Carvalho, D. D. AU - Miranda, T. B. AU - Zhou, X. J. AU - Liang, G. AU - Jones, P. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Polycomb-repressed genes have permissive enhancers that initiate reprogramming JO - Cell VL - 147 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.10.040 DO - 10.1016/j.cell.2011.10.040 ID - Taberlay2011 ER - TY - JOUR AU - Han, M. AU - Grunstein, M. PY - 1988 DA - 1988// TI - Nucleosome loss activates yeast downstream promoters in vivo JO - Cell VL - 55 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(88)90258-9 DO - 10.1016/0092-8674(88)90258-9 ID - Han1988 ER - TY - JOUR AU - Wu, C. AU - Wong, Y. C. AU - Elgin, S. C. PY - 1979 DA - 1979// TI - The chromatin structure of specific genes: II. Disruption of chromatin structure during gene activity JO - Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(79)90096-5 DO - 10.1016/0092-8674(79)90096-5 ID - Wu1979 ER - TY - JOUR AU - Heintzman, N. D. AU - Stuart, R. K. AU - Hon, G. AU - Fu, Y. AU - Ching, C. W. AU - Hawkins, R. D. AU - Barrera, L. O. AU - Van Calcar, S. AU - Qu, C. AU - Ching, K. A. AU - Wang, W. AU - Weng, Z. AU - Green, R. D. AU - Crawford, G. E. AU - Ren, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1966 DO - 10.1038/ng1966 ID - Heintzman2007 ER - TY - JOUR AU - Jeong, S. AU - Liang, G. AU - Sharma, S. AU - Lin, J. C. AU - Choi, S. H. AU - Han, H. AU - Yoo, C. B. AU - Egger, G. AU - Yang, A. S. AU - Jones, P. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Selective anchoring of DNA methyltransferases 3A and 3B to nucleosomes containing methylated DNA JO - Mol Cell Biol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.00484-09 DO - 10.1128/MCB.00484-09 ID - Jeong2009 ER - TY - JOUR AU - You, J. S. AU - Kelly, T. K. AU - De Carvalho, D. D. AU - Taberlay, P. C. AU - Liang, G. AU - Jones, P. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - OCT4 establishes and maintains nucleosome-depleted regions that provide additional layers of epigenetic regulation of its target genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1111309108 DO - 10.1073/pnas.1111309108 ID - You2011 ER - TY - JOUR AU - Felle, M. AU - Hoffmeister, H. AU - Rothammer, J. AU - Fuchs, A. AU - Exler, J. H. AU - Langst, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Nucleosomes protect DNA from DNA methylation in vivo and in vitro JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr263 DO - 10.1093/nar/gkr263 ID - Felle2011 ER - TY - JOUR AU - Gowher, H. AU - Stockdale, C. J. AU - Goyal, R. AU - Ferreira, H. AU - Owen-Hughes, T. AU - Jeltsch, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - De novo methylation of nucleosomal DNA by the mammalian Dnmt1 and Dnmt3A DNA methyltransferases JO - Biochemistry VL - 44 UR - https://doi.org/10.1021/bi047634t DO - 10.1021/bi047634t ID - Gowher2005 ER - TY - JOUR AU - Jiang, Y. AU - Schneck, J. L. AU - Grimes, M. AU - Taylor, A. N. AU - Hou, W. AU - Thrall, S. H. AU - Sweitzer, S. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Methyltransferases prefer monomer over core-trimmed nucleosomes as in vitro substrates JO - Anal Biochem VL - 415 UR - https://doi.org/10.1016/j.ab.2011.03.037 DO - 10.1016/j.ab.2011.03.037 ID - Jiang2011 ER - TY - JOUR AU - Kelly, T. K. AU - Liu, Y. AU - Lay, F. D. AU - Liang, G. AU - Berman, B. P. AU - Jones, P. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide mapping of nucleosome positioning and DNA methylation within individual DNA molecules JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.143008.112 DO - 10.1101/gr.143008.112 ID - Kelly2012 ER - TY - JOUR AU - Takeshima, H. AU - Suetake, I. AU - Tajima, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mouse Dnmt3a preferentially methylates linker DNA and is inhibited by histone H1 JO - J Mol Biol VL - 383 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.03.001 DO - 10.1016/j.jmb.2008.03.001 ID - Takeshima2008 ER - TY - JOUR AU - Chodavarapu, R. K. AU - Feng, S. AU - Bernatavichute, Y. V. AU - Chen, P. Y. AU - Stroud, H. AU - Yu, Y. AU - Hetzel, J. A. AU - Kuo, F. AU - Kim, J. AU - Cokus, S. J. AU - Casero, D. AU - Bernal, M. AU - Huijser, P. AU - Clark, A. T. AU - Kramer, U. AU - Merchant, S. S. AU - Zhang, X. AU - Jacobsen, S. E. AU - Pellegrini, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Relationship between nucleosome positioning and DNA methylation JO - Nature VL - 466 UR - https://doi.org/10.1038/nature09147 DO - 10.1038/nature09147 ID - Chodavarapu2010 ER - TY - JOUR AU - Portela, A. AU - Liz, J. AU - Nogales, V. AU - Setien, F. AU - Villanueva, A. AU - Esteller, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA methylation determines nucleosome occupancy in the 5′-CpG islands of tumor suppressor genes JO - Oncogene VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2013.162 DO - 10.1038/onc.2013.162 ID - Portela2013 ER - TY - JOUR AU - Taberlay, P. C. AU - Statham, A. L. AU - Kelly, T. K. AU - Clark, S. J. AU - Jones, P. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reconfiguration of nucleosome-depleted regions at distal regulatory elements accompanies DNA methylation of enhancers and insulators in cancer JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.163485.113 DO - 10.1101/gr.163485.113 ID - Taberlay2014 ER - TY - JOUR AU - Teif, V. B. AU - Vainshtein, Y. AU - Caudron-Herger, M. AU - Mallm, J. P. AU - Marth, C. AU - Hofer, T. AU - Rippe, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide nucleosome positioning during embryonic stem cell development JO - Nat Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2419 DO - 10.1038/nsmb.2419 ID - Teif2012 ER - TY - JOUR AU - Chatterjee, R. AU - He, X. AU - Huang, D. AU - FitzGerald, P. AU - Smith, A. AU - Vinson, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - High-resolution genome-wide DNA methylation maps of mouse primary female dermal fibroblasts and keratinocytes JO - Epigenetics Chromatin VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1756-8935-7-35 DO - 10.1186/1756-8935-7-35 ID - Chatterjee2014 ER - TY - JOUR AU - Tillo, D. AU - Hughes, T. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - G + C content dominates intrinsic nucleosome occupancy JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-442 DO - 10.1186/1471-2105-10-442 ID - Tillo2009 ER - TY - JOUR AU - Axel, R. PY - 1975 DA - 1975// TI - Cleavage of DNA in nuclei and chromatin with staphylococcal nuclease JO - Biochemistry VL - 14 UR - https://doi.org/10.1021/bi00684a020 DO - 10.1021/bi00684a020 ID - Axel1975 ER - TY - JOUR AU - Jiang, C. AU - Pugh, B. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Nucleosome positioning and gene regulation: advances through genomics JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2522 DO - 10.1038/nrg2522 ID - Jiang2009 ER - TY - JOUR AU - Mavrich, T. N. AU - Jiang, C. AU - Ioshikhes, I. P. AU - Li, X. AU - Venters, B. J. AU - Zanton, S. J. AU - Tomsho, L. P. AU - Qi, J. AU - Glaser, R. L. AU - Schuster, S. C. AU - Gilmour, D. S. AU - Albert, I. AU - Pugh, B. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Nucleosome organization in the Drosophila genome JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06929 DO - 10.1038/nature06929 ID - Mavrich2008 ER - TY - JOUR AU - Shivaswamy, S. AU - Bhinge, A. AU - Zhao, Y. AU - Jones, S. AU - Hirst, M. AU - Iyer, V. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamic remodeling of individual nucleosomes across a eukaryotic genome in response to transcriptional perturbation JO - PLoS Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060065 DO - 10.1371/journal.pbio.0060065 ID - Shivaswamy2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Wippo, C. J. AU - Wal, M. AU - Ward, E. AU - Korber, P. AU - Pugh, B. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - A packing mechanism for nucleosome organization reconstituted across a eukaryotic genome JO - Science VL - 332 UR - https://doi.org/10.1126/science.1200508 DO - 10.1126/science.1200508 ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Lee, W. AU - Tillo, D. AU - Bray, N. AU - Morse, R. H. AU - Davis, R. W. AU - Hughes, T. R. AU - Nislow, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - A high-resolution atlas of nucleosome occupancy in yeast JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2117 DO - 10.1038/ng2117 ID - Lee2007 ER - TY - JOUR AU - Deng, T. AU - Zhu, Z. I. AU - Zhang, S. AU - Leng, F. AU - Cherukuri, S. AU - Hansen, L. AU - Marino-Ramirez, L. AU - Meshorer, E. AU - Landsman, D. AU - Bustin, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - HMGN1 modulates nucleosome occupancy and DNase I hypersensitivity at the CpG island promoters of embryonic stem cells JO - Mol Cell Biol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.00435-13 DO - 10.1128/MCB.00435-13 ID - Deng2013 ER - TY - JOUR AU - Sadeh, R. AU - Allis, C. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome-wide “re”-modeling of nucleosome positions JO - Cell VL - 147 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.09.042 DO - 10.1016/j.cell.2011.09.042 ID - Sadeh2011 ER - TY - JOUR AU - Schones, D. E. AU - Cui, K. AU - Cuddapah, S. AU - Roh, T. Y. AU - Barski, A. AU - Wang, Z. AU - Wei, G. AU - Zhao, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.02.022 DO - 10.1016/j.cell.2008.02.022 ID - Schones2008 ER - TY - JOUR AU - Huisinga, K. L. AU - Pugh, B. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - A genome-wide housekeeping role for TFIID and a highly regulated stress-related role for SAGA in Saccharomyces cerevisiae JO - Mol Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(04)00087-5 DO - 10.1016/S1097-2765(04)00087-5 ID - Huisinga2004 ER - TY - JOUR AU - Rozenberg, J. M. AU - Shlyakhtenko, A. AU - Glass, K. AU - Rishi, V. AU - Myakishev, M. V. AU - FitzGerald, P. C. AU - Vinson, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - All and only CpG containing sequences are enriched in promoters abundantly bound by RNA polymerase II in multiple tissues JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-67 DO - 10.1186/1471-2164-9-67 ID - Rozenberg2008 ER - TY - JOUR AU - Tillo, D. AU - Kaplan, N. AU - Moore, I. K. AU - Fondufe-Mittendorf, Y. AU - Gossett, A. J. AU - Field, Y. AU - Lieb, J. D. AU - Widom, J. AU - Segal, E. AU - Hughes, T. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - High nucleosome occupancy is encoded at human regulatory sequences JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009129 DO - 10.1371/journal.pone.0009129 ID - Tillo2010 ER - TY - JOUR AU - Valouev, A. AU - Johnson, S. M. AU - Boyd, S. D. AU - Smith, C. L. AU - Fire, A. Z. AU - Sidow, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Determinants of nucleosome organization in primary human cells JO - Nature VL - 474 UR - https://doi.org/10.1038/nature10002 DO - 10.1038/nature10002 ID - Valouev2011 ER - TY - JOUR AU - Botchkarev, V. A. AU - Gdula, M. R. AU - Mardaryev, A. N. AU - Sharov, A. A. AU - Fessing, M. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Epigenetic regulation of gene expression in keratinocytes JO - J Invest Dermatol VL - 132 UR - https://doi.org/10.1038/jid.2012.182 DO - 10.1038/jid.2012.182 ID - Botchkarev2012 ER - TY - JOUR AU - Gdula, M. R. AU - Poterlowicz, K. AU - Mardaryev, A. N. AU - Sharov, A. A. AU - Peng, Y. AU - Fessing, M. Y. AU - Botchkarev, V. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Remodeling of three-dimensional organization of the nucleus during terminal keratinocyte differentiation in the epidermis JO - J Invest Dermatol VL - 133 UR - https://doi.org/10.1038/jid.2013.66 DO - 10.1038/jid.2013.66 ID - Gdula2013 ER - TY - JOUR AU - Schlesinger, F. AU - Smith, A. D. AU - Gingeras, T. R. AU - Hannon, G. J. AU - Hodges, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - De novo DNA demethylation and non-coding transcription define active intergenic regulatory elements JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.157271.113 DO - 10.1101/gr.157271.113 ID - Schlesinger2013 ER - TY - JOUR AU - He, X. AU - Chatterjee, R. AU - John, S. AU - Bravo, H. AU - Sathyanarayana, B. K. AU - Biddie, S. C. AU - FitzGerald, P. C. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Hager, G. L. AU - Vinson, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Contribution of nucleosome binding preferences and co-occurring DNA sequences to transcription factor binding JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-428 DO - 10.1186/1471-2164-14-428 ID - He2013 ER - TY - JOUR AU - FitzGerald, P. C. AU - Shlyakhtenko, A. AU - Mir, A. A. AU - Vinson, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Clustering of DNA sequences in human promoters JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1953904 DO - 10.1101/gr.1953904 ID - FitzGerald2004 ER - TY - JOUR AU - Yen, K. AU - Vinayachandran, V. AU - Batta, K. AU - Koerber, R. T. AU - Pugh, B. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide nucleosome specificity and directionality of chromatin remodelers JO - Cell VL - 149 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.04.036 DO - 10.1016/j.cell.2012.04.036 ID - Yen2012 ER - TY - JOUR AU - Mirny, L. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Nucleosome-mediated cooperativity between transcription factors JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0913805107 DO - 10.1073/pnas.0913805107 ID - Mirny2010 ER - TY - JOUR AU - Polach, K. J. AU - Widom, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - A model for the cooperative binding of eukaryotic regulatory proteins to nucleosomal target sites JO - J Mol Biol VL - 258 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1996.0288 DO - 10.1006/jmbi.1996.0288 ID - Polach1996 ER - TY - JOUR AU - Rishi, V. AU - Bhattacharya, P. AU - Chatterjee, R. AU - Rozenberg, J. AU - Zhao, J. AU - Glass, K. AU - Fitzgerald, P. AU - Vinson, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - CpG methylation of half-CRE sequences creates C/EBPalpha binding sites that activate some tissue-specific genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1008688107 DO - 10.1073/pnas.1008688107 ID - Rishi2010 ER - TY - JOUR AU - Ranjan, A. AU - Mizuguchi, G. AU - FitzGerald, P. C. AU - Wei, D. AU - Wang, F. AU - Huang, Y. AU - Luk, E. AU - Woodcock, C. L. AU - Wu, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Nucleosome-free region dominates histone acetylation in targeting SWR1 to promoters for H2A.Z replacement JO - Cell VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.08.005 DO - 10.1016/j.cell.2013.08.005 ID - Ranjan2013 ER -