TY - JOUR AU - Azuara, V. AU - Perry, P. AU - Sauer, S. AU - Spivakov, M. AU - Jorgensen, H. F. AU - John, R. M. AU - Gouti, M. AU - Casanova, M. AU - Warnes, G. AU - Merkenschlager, M. AU - Fisher, A. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Chromatin signatures of pluripotent cell lines JO - Nat Cell Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1403 DO - 10.1038/ncb1403 ID - Azuara2006 ER - TY - JOUR AU - Bernstein, B. E. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Xie, X. AU - Kamal, M. AU - Huebert, D. J. AU - Cuff, J. AU - Fry, B. AU - Meissner, A. AU - Wernig, M. AU - Plath, K. AU - Jaenisch, R. AU - Wagschal, A. AU - Feil, R. AU - Schreiber, S. L. AU - Lander, E. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells JO - Cell VL - 125 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.02.041 DO - 10.1016/j.cell.2006.02.041 ID - Bernstein2006 ER - TY - JOUR AU - Mikkelsen, T. S. AU - Ku, M. AU - Jaffe, D. B. AU - Issac, B. AU - Lieberman, E. AU - Giannoukos, G. AU - Alvarez, P. AU - Brockman, W. AU - Kim, T. K. AU - Koche, R. P. AU - Lee, W. AU - Mendenhall, E. AU - O'Donovan, A. AU - Presser, A. AU - Russ, C. AU - Xie, X. AU - Meissner, A. AU - Wernig, M. AU - Jaenisch, R. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Bernstein, B. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06008 DO - 10.1038/nature06008 ID - Mikkelsen2007 ER - TY - JOUR AU - Pan, G. AU - Tian, S. AU - Nie, J. AU - Yang, C. AU - Ruotti, V. AU - Wei, H. AU - Jonsdottir, G. A. AU - Stewart, R. AU - Thomson, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Whole-genome analysis of histone H3 lysine 4 and lysine 27 methylation in human embryonic stem cells JO - Cell Stem Cell VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2007.08.003 DO - 10.1016/j.stem.2007.08.003 ID - Pan2007 ER - TY - JOUR AU - Zhao, X. D. AU - Han, X. AU - Chew, J. L. AU - Liu, J. AU - Chiu, K. P. AU - Choo, A. AU - Orlov, Y. L. AU - Sung, W. K. AU - Shahab, A. AU - Kuznetsov, V. A. AU - Bourque, G. AU - Oh, S. AU - Ruan, Y. AU - Ng, H. H. AU - Wei, C. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Whole-genome mapping of histone H3 Lys4 and 27 trimethylations reveals distinct genomic compartments in human embryonic stem cells JO - Cell Stem Cell VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2007.08.004 DO - 10.1016/j.stem.2007.08.004 ID - Zhao2007 ER - TY - JOUR AU - Ku, M. AU - Koche, R. P. AU - Rheinbay, E. AU - Mendenhall, E. M. AU - Endoh, M. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Presser, A. AU - Nusbaum, C. AU - Xie, X. AU - Chi, A. S. AU - Adli, M. AU - Kasif, S. AU - Ptaszek, L. M. AU - Cowan, C. A. AU - Lander, E. S. AU - Koseki, H. AU - Bernstein, B. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomewide analysis of PRC1 and PRC2 occupancy identifies two classes of bivalent domains JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000242 DO - 10.1371/journal.pgen.1000242 ID - Ku2008 ER - TY - JOUR AU - Pietersen, A. M. AU - van Lohuizen, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Stem cell regulation by polycomb repressors: postponing commitment JO - Curr Opin Cell Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2008.01.004 DO - 10.1016/j.ceb.2008.01.004 ID - Pietersen2008 ER - TY - JOUR AU - Guenther, M. G. AU - Levine, S. S. AU - Boyer, L. A. AU - Jaenisch, R. AU - Young, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - A chromatin landmark and transcription initiation at most promoters in human cells JO - Cell VL - 130 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.042 DO - 10.1016/j.cell.2007.05.042 ID - Guenther2007 ER - TY - JOUR AU - Brookes, E. AU - Pombo, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Modifications of RNA polymerase II are pivotal in regulating gene expression states JO - EMBO Rep VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/embor.2009.221 DO - 10.1038/embor.2009.221 ID - Brookes2009 ER - TY - JOUR AU - Kanhere, A. AU - Viiri, K. AU - Araujo, C. C. AU - Rasaiyaah, J. AU - Bouwman, R. D. AU - Whyte, W. A. AU - Pereira, C. F. AU - Brookes, E. AU - Walker, K. AU - Bell, G. W. AU - Pombo, A. AU - Fisher, A. G. AU - Young, R. A. AU - Jenner, R. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Short RNAs are transcribed from repressed polycomb target genes and interact with polycomb repressive complex-2 JO - Mol Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.03.019 DO - 10.1016/j.molcel.2010.03.019 ID - Kanhere2010 ER - TY - JOUR AU - Boyer, L. A. AU - Plath, K. AU - Zeitlinger, J. AU - Brambrink, T. AU - Medeiros, L. A. AU - Lee, T. I. AU - Levine, S. S. AU - Wernig, M. AU - Tajonar, A. AU - Ray, M. K. AU - Bell, G. W. AU - Otte, A. P. AU - Vidal, M. AU - Gifford, D. K. AU - Young, R. A. AU - Jaenisch, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells JO - Nature VL - 441 UR - https://doi.org/10.1038/nature04733 DO - 10.1038/nature04733 ID - Boyer2006 ER - TY - JOUR AU - Chamberlain, S. J. AU - Yee, D. AU - Magnuson, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Polycomb repressive complex 2 is dispensable for maintenance of embryonic stem cell pluripotency JO - Stem Cells VL - 26 UR - https://doi.org/10.1634/stemcells.2008-0102 DO - 10.1634/stemcells.2008-0102 ID - Chamberlain2008 ER - TY - JOUR AU - Jiang, H. AU - Skukla, A. AU - Wang, X. AU - Chen, W. Y. AU - Bernstein, B. E. AU - Roeder, R. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Role for Dpy-30 in ES cell-fate specification by regulation of H3K4 methylation within bivalent domains JO - Cell VL - 144 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.01.020 DO - 10.1016/j.cell.2011.01.020 ID - Jiang2011 ER - TY - JOUR AU - Ang, Y. S. AU - Tsai, S. Y. AU - Lee, D. F. AU - Monk, J. AU - Su, J. AU - Ratnakumar, K. AU - Ding, J. AU - Ge, Y. AU - Darr, H. AU - Chang, B. AU - Wang, J. AU - Rendl, M. AU - Bernstein, E. AU - Schaniel, C. AU - Leminschka, I. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Wdr5 mediates self-renewal and reprogramming via the embryonic stem cell core transcriptional network JO - Cell VL - 145 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.03.003 DO - 10.1016/j.cell.2011.03.003 ID - Ang2011 ER - TY - JOUR AU - Efroni, S. AU - Duttagupta, R. AU - Cheng, J. AU - Dehghani, H. AU - Hoeppner, D. J. AU - Dash, C. AU - Bazett-Jones, D. P. AU - Le Grice, S. AU - McKay, R. D. AU - Buetow, K. H. AU - Gingeras, T. R. AU - Misteli, T. AU - Meshorer, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Global transcription in pluripotent embryonic stem cells JO - Cell Stem Cell VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2008.03.021 DO - 10.1016/j.stem.2008.03.021 ID - Efroni2008 ER - TY - JOUR AU - Roh, T. Y. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Zhao, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - The genomic landscape of histone modifications in human T cells JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0607617103 DO - 10.1073/pnas.0607617103 ID - Roh2006 ER - TY - JOUR AU - Barski, A. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Roh, T. Y. AU - Schones, D. E. AU - Wang, Z. AU - Wei, G. AU - Chepelev, I. AU - Zhao, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-resolution profiling of histone methylations in the human genome JO - Cell VL - 129 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.009 DO - 10.1016/j.cell.2007.05.009 ID - Barski2007 ER - TY - JOUR AU - Cui, K. AU - Zang, C. AU - Roh, T. Y. AU - Schones, D. E. AU - Childs, R. W. AU - Peng, W. AU - Zhao, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chromatin signatures in multipotent human hematopoietic stem cells indicate the fate of bivalent genes during differentiation JO - Cell Stem Cell VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2008.11.011 DO - 10.1016/j.stem.2008.11.011 ID - Cui2009 ER - TY - STD TI - Adli M, Zhu J, Bernstein BE: Genome-wide chromatin maps derived from limited numbers of hematopoietic progenitors. Nat Methods. 7: 615-618. ID - ref19 ER - TY - STD TI - Christophersen NS, Helin K: Epigenetic control of embryonic stem cell fate. J Exp Med. 207: 2287-95. ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Hughes, J. R. AU - Cheng, J. F. AU - Ventress, N. AU - Prabhakar, S. AU - Clark, K. AU - Anguita, E. AU - De Gobbi, M. AU - de Jong, P. AU - Rubin, E. AU - Higgs, D. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Annotation of cis-regulatory elements by identification, subclassification, and functional assessment of multispecies conserved sequences JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0503401102 DO - 10.1073/pnas.0503401102 ID - Hughes2005 ER - TY - JOUR AU - Vernimmen, D. AU - Marques-Kranc, F. AU - Sharpe, J. A. AU - Sloane-Stanley, J. A. AU - Wood, W. G. AU - Wallace, H. A. AU - Smith, A. J. AU - Higgs, D. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chromosome looping at the human alpha-globin locus is mediated via the major upstream regulatory element (HS-40) JO - Blood VL - 114 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2009-03-213439 DO - 10.1182/blood-2009-03-213439 ID - Vernimmen2009 ER - TY - JOUR AU - Bird, A. P. AU - Taggart, M. H. AU - Nicholls, R. D. AU - Higgs, D. R. PY - 1987 DA - 1987// TI - Non-methylated CpG-rich islands at the human alpha-globin locus: implications for evolution of the alpha-globin pseudogene JO - EMBO J VL - 6 ID - Bird1987 ER - TY - JOUR AU - Anguita, E. AU - Hughes, J. AU - Heyworth, C. AU - Blobel, G. A. AU - Wood, W. G. AU - Higgs, D. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Globin gene activation during haemopoiesis is driven by protein complexes nucleated by GATA-1 and GATA-2 JO - EMBO J VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7600274 DO - 10.1038/sj.emboj.7600274 ID - Anguita2004 ER - TY - JOUR AU - Vernimmen, D. AU - De Gobbi, M. AU - Sloane-Stanley, J. A. AU - Wood, W. G. AU - Higgs, D. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Long-range chromosomal interactions regulate the timing of the transition between poised and active gene expression JO - EMBO J VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601654 DO - 10.1038/sj.emboj.7601654 ID - Vernimmen2007 ER - TY - JOUR AU - De Gobbi, M. AU - Anguita, E. AU - Hughes, J. AU - Sloane-Stanley, J. A. AU - Sharpe, J. A. AU - Koch, C. M. AU - Dunham, I. AU - Gibbons, R. J. AU - Wood, W. G. AU - Higgs, D. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Tissue-specific histone modification and transcription factor binding in alpha globin gene expression JO - Blood VL - 110 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2007-06-097964 DO - 10.1182/blood-2007-06-097964 ID - De Gobbi2007 ER - TY - JOUR AU - Garrick, D. AU - De Gobbi, M. AU - Samara, V. AU - Rugless, M. AU - Holland, M. AU - Ayyub, H. AU - Lower, K. AU - Sloane-Stanley, J. AU - Gray, N. AU - Koch, C. AU - Dunham, I. AU - Higgs, D. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - The role of the polycomb complex in silencing alpha-globin gene expression in nonerythroid cells JO - Blood VL - 112 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2008-06-161901 DO - 10.1182/blood-2008-06-161901 ID - Garrick2008 ER - TY - JOUR AU - Goh, S. H. AU - Terry Lee, Y. AU - Bhanu, N. V. AU - Cam, M. C. AU - Desper, R. AU - Martin, B. M. AU - Moharram, R. AU - Gherman, R. B. AU - Miller, J. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - A newly discovered human α-globin gene JO - Blood VL - 106 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2005-03-0948 DO - 10.1182/blood-2005-03-0948 ID - Goh2005 ER - TY - JOUR AU - Gibson, J. D. AU - Jakuba, C. M. AU - Boucher, N. AU - Holbrook, K. A. AU - Carter, M. G. AU - Nelson, C. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Single-cell transcript analysis of human embryonic stem cells JO - Integr Biol (Camb) VL - 1 UR - https://doi.org/10.1039/b908276j DO - 10.1039/b908276j ID - Gibson2009 ER - TY - JOUR AU - Bhanu, N. V. AU - Trice, T. A. AU - Lee, Y. T. AU - Miller, J. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - A signaling mechanism for growth-related expression of fetal hemoglobin JO - Blood VL - 103 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2003-05-1624 DO - 10.1182/blood-2003-05-1624 ID - Bhanu2004 ER - TY - JOUR AU - Schubeler, D. AU - MacAlpine, D. M. AU - Scalzo, D. AU - Wirbelauer, C. AU - Kooperberg, C. AU - van Leeuwen, F. AU - Gottschling, D. E. AU - O'Neill, L. P. AU - Turner, B. M. AU - Delrow, J. AU - Bell, S. P. AU - Groudine, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The histone modification pattern of active genes revealed through genome-wide chromatin analysis of a higher eukaryote JO - Genes Dev VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1198204 DO - 10.1101/gad.1198204 ID - Schubeler2004 ER - TY - JOUR AU - Weishaupt, H. AU - Sigvardsson, M. AU - Attema, J. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Epigenetic chromatin states uniquely define the developmental plasticity of murine hematopoietic stem cells JO - Blood VL - 115 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2009-07-235176 DO - 10.1182/blood-2009-07-235176 ID - Weishaupt2010 ER - TY - JOUR AU - Hu, M. AU - Krause, D. AU - Greaves, M. AU - Sharkis, S. AU - Dexter, M. AU - Heyworth, C. AU - Enver, T. PY - 1997 DA - 1997// TI - Multilineage gene expression precedes commitment in the hemopoietic system JO - Genes Dev VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gad.11.6.774 DO - 10.1101/gad.11.6.774 ID - Hu1997 ER - TY - JOUR AU - Rase, J. M. AU - O'Shea, E. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Control of stochasticity in eukatyotic gene expression JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1098641 DO - 10.1126/science.1098641 ID - Rase2004 ER - TY - JOUR AU - Pope, S. H. AU - Fibach, E. AU - Sun, J. AU - Chin, K. AU - Rodgers, G. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Two-phase liquid culture system models normal human adult erythropoiesis at the molecular level JO - Eur J Haematol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1034/j.1600-0609.2000.90032.x DO - 10.1034/j.1600-0609.2000.90032.x ID - Pope2000 ER - TY - JOUR AU - Brown, J. M. AU - Leach, J. AU - Reittie, J. E. AU - Atzberger, A. AU - Lee-Prudhoe, J. AU - Wood, W. G. AU - Higgs, D. R. AU - Iborra, F. J. AU - Buckle, V. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Coregulated human globin genes are frequently in spatial proximity when active JO - J Cell Biol VL - 172 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200507073 DO - 10.1083/jcb.200507073 ID - Brown2006 ER - TY - JOUR AU - Mansson, R. AU - Hultquist, A. AU - Luc, S. AU - Yang, L. AU - Anderson, K. AU - Kharazi, S. AU - Al-Hashmi, S. AU - Liuba, K. AU - Thoren, L. AU - Adolfsson, J. AU - Buza-Vidas, N. AU - Qian, H. AU - Soneji, S. AU - Enver, T. AU - Sigvardsson, M. AU - Jacobsen, S. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular evidence for hierarchical transcriptional lineage priming in fetal and adult stem cells and multipotent progenitors JO - Immunity VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2007.02.013 DO - 10.1016/j.immuni.2007.02.013 ID - Mansson2007 ER - TY - JOUR AU - Vakoc, C. R. AU - Sachdeva, M. M. AU - Wang, H. AU - Blobel, G. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Profile of histone lysine methylation across transcribed mammalian chromatin JO - Mol Cel Biol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.01529-06 DO - 10.1128/MCB.01529-06 ID - Vakoc2006 ER -